cBioPortal|癌症研究数据集|基因组学数据集

cBioPortal是一个用于癌症基因组学数据可视化和分析的开放平台。它提供了多种癌症类型的基因组数据，包括基因突变、拷贝数变异、mRNA表达、蛋白质表达和临床数据等。用户可以通过该平台进行数据查询、可视化和分析，以支持癌症研究和临床决策。

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数据集介绍

构建方式

cBioPortal数据集的构建基于全球多个癌症研究中心和生物信息学数据库的整合。通过系统性地收集和标准化来自TCGA（The Cancer Genome Atlas）、ICGC（International Cancer Genome Consortium）等权威数据库的癌症基因组数据，cBioPortal实现了对多种癌症类型的高质量数据集成。数据处理流程包括原始数据的清洗、注释、归一化和可视化，确保了数据的一致性和可用性。

使用方法

研究人员可以通过cBioPortal的在线平台直接访问和下载数据，利用其提供的交互式图表和工具进行数据可视化和分析。用户可以根据研究需求选择特定的癌症类型和数据维度，进行个性化查询和数据挖掘。此外，cBioPortal还支持API接口，便于开发者将数据集成到自定义的分析流程中。通过这些方法，cBioPortal为癌症研究提供了强大的数据支持和分析工具。

背景与挑战

背景概述

cBioPortal数据集由纪念斯隆-凯特琳癌症中心（Memorial Sloan Kettering Cancer Center）于2012年推出，旨在为癌症研究提供一个开放的、可交互的数据平台。该数据集整合了来自多个癌症基因组项目的基因组学、表观基因组学和临床数据，极大地促进了癌症基因组学研究的进展。通过cBioPortal，研究人员能够快速访问和分析大规模的癌症基因组数据，从而推动了癌症精准医疗的发展。

当前挑战

cBioPortal数据集在构建过程中面临了多重挑战。首先，数据来源的多样性和异质性要求平台具备强大的数据整合和标准化能力。其次，基因组数据的复杂性和高维度使得数据存储和处理成为一大难题。此外，确保数据的安全性和隐私保护也是该平台必须解决的关键问题。最后，为了提升用户体验，cBioPortal需要不断优化其数据可视化和交互功能，以满足不同研究者的需求。

发展历史

创建时间与更新

cBioPortal数据集创建于2012年，由美国纪念斯隆-凯特琳癌症中心（MSKCC）发起，旨在提供一个开放的癌症基因组数据平台。自创建以来，cBioPortal持续更新，每年都有新的数据和功能加入，以适应不断发展的癌症研究需求。

重要里程碑

cBioPortal的重要里程碑包括2013年首次整合了TCGA（The Cancer Genome Atlas）项目的数据，极大地丰富了数据集的内容。2015年，cBioPortal推出了在线工具，使得全球研究者可以更便捷地访问和分析数据。2018年，cBioPortal与欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）合作，进一步扩展了其国际影响力。这些里程碑事件不仅提升了数据集的可用性和影响力，也推动了癌症基因组学领域的研究进展。

当前发展情况

当前，cBioPortal已成为全球癌症研究领域的重要资源，涵盖了超过100种癌症类型的基因组数据。其用户界面友好，支持多种数据分析工具，使得研究人员能够快速获取和分析复杂的癌症基因组信息。cBioPortal的持续发展不仅促进了癌症研究的跨学科合作，也为个性化医疗和精准治疗提供了重要的数据支持。未来，cBioPortal将继续整合更多高质量的癌症基因组数据，推动癌症研究的创新和突破。

发展历程

• cBioPortal首次发表在《Cancer Discovery》期刊上，标志着该数据平台的正式推出。

  2012年
• cBioPortal首次应用于癌症基因组学研究，为研究人员提供了大规模癌症基因组数据的集成和可视化工具。

  2013年
• cBioPortal发布了其首个大规模更新，增加了对多种癌症类型数据的支持，并引入了新的数据分析功能。

  2014年
• cBioPortal与多个国际癌症研究机构合作，扩展了其数据集，涵盖了更多的癌症类型和基因组数据。

  2016年
• cBioPortal推出了API接口，使得研究人员能够更方便地访问和分析其数据库中的数据。

  2018年
• cBioPortal进一步扩展了其数据集，包括了更多的临床数据和多组学数据，提升了其在癌症研究中的应用价值。

  2020年

常用场景

经典使用场景

在癌症研究领域，cBioPortal数据集被广泛用于探索和分析大规模癌症基因组数据。研究者们利用该平台进行基因突变、拷贝数变异、mRNA表达水平等多维度的数据整合与可视化，从而揭示癌症的分子机制。通过cBioPortal，科学家们能够快速识别与特定癌症类型相关的关键基因和通路，为个性化治疗策略的制定提供科学依据。

解决学术问题

cBioPortal数据集在解决癌症研究中的多个学术问题方面发挥了重要作用。它通过整合多源数据，帮助研究者识别与癌症发生、发展密切相关的基因和分子机制，从而推动了癌症生物学的基础研究。此外，该数据集还支持临床研究，通过分析患者样本数据，揭示基因变异与治疗反应之间的关系，为精准医学的发展提供了宝贵的数据支持。

实际应用

在实际应用中，cBioPortal数据集被广泛用于临床决策支持系统。医生和研究人员可以利用该平台的数据，为癌症患者制定个性化的治疗方案。例如，通过分析患者的基因组数据，医生可以识别出可能对特定药物敏感的基因突变，从而优化治疗策略，提高治疗效果。此外，cBioPortal还支持药物研发，通过分析大规模的基因组数据，帮助识别新的药物靶点。

数据集最近研究

最新研究方向

在癌症研究领域，cBioPortal数据集的最新研究方向主要集中在整合多源基因组数据以提高癌症诊断和治疗的精准性。研究者们通过分析cBioPortal中的大规模基因突变、拷贝数变异和基因表达数据，探索癌症的分子机制和潜在的治疗靶点。此外，该数据集还被用于开发和验证新的生物标志物，以实现个性化医疗。这些研究不仅推动了癌症生物学的基础理解，也为临床实践提供了重要的数据支持，预示着未来癌症治疗将更加精准和有效。

相关研究论文

• The cBio Cancer Genomics Portal: An Open Platform for Exploring Multidimensional Cancer Genomics Data

  Dana-Farber Cancer Institute · 2012年
• cBioPortal for Cancer Genomics: 2016 Update

  Dana-Farber Cancer Institute · 2016年
• Integrative Analysis of Complex Cancer Genomics and Clinical Profiles Using the cBioPortal

  Dana-Farber Cancer Institute · 2013年
• The cBioPortal for Cancer Genomics: An Open Platform for Exploring Multidimensional Cancer Genomics Data

  Dana-Farber Cancer Institute · 2013年
• cBioPortal: An Open Platform for Exploring and Analyzing Cancer Genomics Data

  Dana-Farber Cancer Institute · 2019年