Appendix I: PCR Design

PhD thesis: PRDM9 Diversity, Recombination Landscapes and Childhood Leukaemia by Ihthisham Ali This appendix includes PCR designs for the recombination hotspot crossover assays done in the DNA3 and newly described AA hotspots in the MHCII, duplex PCR for screening for K-ZnF containing PRDM9 alleles in a British ALL cohort and Sanger sequencing as carried out in this thesis. PCR primer characteristics, PCR cycling conditions, PCR strategy for target regions and sequence context of target regions, AA hotspot morphology analysis are included. A. DNA3 and AA hotspotsB. ALL K-ZnF Screening duplex PCRC. PCR product for Sanger Sequencing PRDM9 ZnF array templateD. AA Hotspot ASP DesignE. AA Hotspot Universal Primer DesignF. DNA3 Hotspot Universal Primer DesignG. AA Hotspot Linkage PhasingH. d257 (20) RC mapping resolved by plates and series

博士论文：PRDM9 多样性、重组景观与儿童白血病的关联研究，作者：Ihthisham Ali。本附录包含用于 DNA3 和新描述的 MHCII 中的 AA 热点重组热点交叉检验的 PCR 设计，以及在英国 ALL 群体中筛选含有 K-ZnF 的 PRDM9 等位的双重 PCR，以及本论文中执行的 Sanger 测序。其中包含了 PCR 引物特征、PCR 循环条件、目标区域及序列背景的 PCR 策略，以及 AA 热点形态分析。A. DNA3 和 AA 热点；B. ALL K-ZnF 筛选双重 PCR；C. 用于 Sanger 测序的 PCR 产物 PRDM9 ZnF 数组模板；D. AA 热点 ASP 设计；E. AA 热点通用引物设计；F. DNA3 热点通用引物设计；G. AA 热点连锁相分析；H. 通过平板和系列解析的 d257（20）RC 映射。