EmrE MD Simulation Coordinates and Simulation Parameters
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http://doi.org/10.17632/3pvz4hytfd.2
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coordinates.zip :
Coordinates for EmrE complexes generated by molecular dynamics simulation.
Water, ions and lipid atoms are not included.
Authors : V.Ovchinnikov, T.Stone, C.Deber and M.Karplus, 2017.
Simulation Program : ACEMD (Harvey et al, JCTC, 2009)
Simulation Forcefield : CHARMM36 (protein, water, ions and lipid),
CGENFF v.2b8 initial parameters for TPP+ and ethidium+
(Vanommeslaeghe, JCC, 2009), optimized using FFTK
(Mayne et al., JCC, 2013).
Simulation parameters : time step 2fs, SHAKE, nonbonded cutoff 12A,
CHARMM switching function active at 10A, PME electrostatics with 4th
order splines, NVT ensemble using Langevin thermostat with 0.1/ps friction.
Protein immersed in TIP3 water model, and DMPC lipid.
Coordinates are taken from the end of MD simulation in intervals of 20ns.
For EmrE/stapled peptide complexes, only the last coordinate set is given.
parameters.zip:
CHARMM-compatible simulation (force-field) parameters for simulating stapled peptides,
tetraphenylphosphonium and ethidium cations.
generated using CHARMM General Force Field (CGenFF) program versions
0.9.6-7b. Charges optimized using FFTK ( C.G. Mayne, J. Saam, K.
Schulten, E. Tajkhorshid, J.C. Gumbart. J. Comput. Chem. 2013, DOI:
10.1002/jcc.23422.)
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Authors : V.Ovchinnikov, T.Stone, C.Deber and M.Karplus, 2017
coordinates.zip：
坐标数据集，由分子动力学模拟产生的 EmrE 复合物坐标。水、离子及脂质原子未包含在内。
作者：V.Ovchinnikov, T.Stone, C.Deber 和 M.Karplus，2017。
模拟程序：ACEMD（Harvey 等人，JCTC，2009）。
模拟力场：CHARMM36（蛋白质、水、离子及脂质），TPP+ 和乙锭的 CGENFF v.2b8 初始参数（Vanommeslaeghe，JCC，2009），经 FFTK（Mayne 等人，JCC，2013）优化。
模拟参数：时间步长 2fs，SHAKE，非键作用力截止距离 12A，CHARMM 切换函数在 10A 处激活，使用四阶样条函数的 PME 电荷，NVT 相空间采用 Langevin 热力学参数，摩擦系数为 0.1/ps。
蛋白质沉浸在 TIP3 水模型中，并包含 DMPC 脂质。
坐标取自分子动力学模拟末尾，每隔 20ns 采集一次。对于 EmrE/粘接肽复合物，仅提供最后坐标集。
parameters.zip：
为模拟粘接肽、四苯基磷和乙锭阳离子设计的兼容 CHARMM 的模拟（力场）参数。使用 CHARMM 通用力场（CGenFF）程序版本 0.9.6-7b 生成。
电荷优化采用 FFTK（C.G. Mayne，J. Saam，K. Schulten，E. Tajkhorshid，J.C. Gumbart，J. Comput. Chem. 2013，DOI：10.1002/jcc.23422）。
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作者：V.Ovchinnikov, T.Stone, C.Deber 和 M.Karplus，2017。
提供机构：
doi.org
