IDPpub

Trained using sentences containing protein substrates and phosphorylation site positions from 3000 abstracts, the IDPpub model was then used to extract phosphorylation sites from all MEDLINE abstracts. The extracted proteins were normalized to gene symbols using the National Center for Biotechnology Information gene query, and sites were mapped to human UniProt sequences using ProtMapper and mouse UniProt sequences by direct match.本研究基于3000篇学术摘要中包含蛋白质底物与磷酸化位点位置的语句完成IDPpub模型的训练；随后利用该模型对全部MEDLINE（医学文献联机数据库）摘要提取磷酸化位点。提取得到的蛋白质通过美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information, NCBI）的基因查询工具归一化至基因符号；位点映射环节中，人类UniProt（通用蛋白质知识库）序列的位点映射通过ProtMapper完成，小鼠UniProt序列的位点映射则通过直接匹配实现。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

IDPpub是一个通过挖掘PubMed文献构建的磷酸化位点数据库，专注于从人类和小鼠的蛋白质底物中提取并标准化磷酸化位点信息。它提供了交互式搜索界面，支持按基因、位点或关键词进行查询，以帮助研究磷酸化修饰。