FungiDB

FungiDB belongs to the EuPathDB family of databases and is an integrated genomic and functional genomic database for the kingdom Fungi. FungiDB was first released in early 2011 as a collaborative project between EuPathDB and the group of Jason Stajich (University of California, Riverside). At the end of 2015, FungiDB was integrated into the EuPathDB bioinformatic resource center. FungiDB integrates whole genome sequence and annotation and also includes experimental and environmental isolate sequence data. The database includes comparative genomics, analysis of gene expression, and supplemental bioinformatics analyses and a web interface for data-mining.

FungiDB隶属于EuPathDB数据库家族，是真菌界的一个综合性基因组与功能基因组数据库。FungiDB首次于2011年初作为EuPathDB与加州大学河滨分校Jason Stajich教授团队的合作项目发布。至2015年底，FungiDB已被整合至EuPathDB生物信息资源中心。该数据库集成了全基因组序列及其注释，并包含实验性和环境分离株序列数据。FungiDB还涵盖比较基因组学、基因表达分析以及补充的生物信息学分析，并提供数据挖掘的网页界面。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

FungiDB是一个针对真菌界的集成基因组和功能基因组数据库，属于EuPathDB数据库家族，整合了全基因组序列、注释以及实验和环境分离序列数据。该数据库提供比较基因组学、基因表达分析和数据挖掘工具，包含663个数据集，支持开放访问，并具有REST API接口，专注于生命科学和生物信息学领域的研究。