PocketAffDB (Structure data)

Dataset OverviewThis dataset contains protein-ligand binding affinity and structure data of PocketAffDB.Go to https://doi.org/10.6084/m9.figshare.27966819 for the training dataset of LigUnity.Structure Files (<code>structures.tar.gz</code>)This compressed archive contains three folders with structural data:<b>pocket/</b>Contains binding pocket PDB filesNaming convention: <code>PDBID_ReceptorChain_LigandID_LigandChain_LigandSerialNumber.pdb</code><br>Example: <code>pocket5.0_2q5s_A_NZA_A_1.pdb</code><b>protein/</b>Contains protein structure PDB filesNaming convention: <code>PDBID+ReceptorChain.pdb</code><br>Example: <code>2q5sA.pdb</code><b>ligand/</b>Contains ligand structure PDB filesNaming convention: <code>PDBID_LigandID_LigandChain_LigandSerialNumber.pdb</code><br>Example: <code>2q5s_NZA_A_1.pdb</code>Affinity Data (<code>train_label_blend_seq_full.json</code>)This JSON file contains all assay informationReadme file (<code>readme.md</code>)The markdown file for details about PocketAffDB<br>

数据集概览
本数据集包含PocketAffDB的蛋白质-配体结合亲和力与结构数据。请访问 https://doi.org/10.6084/m9.figshare.27966819 获取LigUnity的训练数据集。

结构文件（<code>structures.tar.gz</code>）
该压缩归档包含三个存储结构数据的文件夹：
<b>pocket/</b>
存储结合口袋PDB文件。命名规则：<code>PDBID_受体链_配体ID_配体链_配体序列号.pdb</code>。示例：<code>pocket5.0_2q5s_A_NZA_A_1.pdb</code>
<b>protein/</b>
存储蛋白质结构PDB文件。命名规则：<code>PDBID+受体链.pdb</code>。示例：<code>2q5sA.pdb</code>
<b>ligand/</b>
存储配体结构PDB文件。命名规则：<code>PDBID_配体ID_配体链_配体序列号.pdb</code>。示例：<code>2q5s_NZA_A_1.pdb</code>

亲和力数据（<code>train_label_blend_seq_full.json</code>）
该JSON文件包含所有实验检测信息。

自述文件（<code>readme.md</code>）
该Markdown文件用于详细说明PocketAffDB的相关信息。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

PocketAffDB是一个包含蛋白质-配体结合亲和力和结构数据的生物信息学数据集，主要提供蛋白质口袋、蛋白质结构和配体结构的PDB文件以及亲和力数据JSON文件，适用于药物发现和分子对接研究。