Benchmarking AMRFinderPlus y AmrProfiler: Evaluación Comparativa de Detección de Genes de Resistencia Antimicrobiana (AMR)

README ˚ ༘♡ ⋆。˚ Este anexo contiene los datasets intermedios del pipeline de benchmarking de herramientas de detección de genes de resistencia antimicrobiana (AMR) en metagenomas simulados de bacterias ESKAPE. Se incluyen para permitir la trazabilidad completa desde el genoma de referencia hasta el metagenoma con genes insertados, sin necesidad de re-ejecutar todo el pipeline. Las lecturas simuladas (FASTQ, generadas con InSilicoSeq/HiSeq) no se incluyen en este anexo por tamaño (decenas de GB). Estructura zenodo_annex/├── raw_genomes/ # 50 genomas ESKAPE originales (NCBI RefSeq, .fna)├── masked_genomes/ # 50 genomas con AMR intrínseco enmascarado│ # (*_clean.fasta), tras clean_genomes_dual.sh├── datasets_inserted/│ ├── ds1/results/sim{1-10}/ds1_sim{N}_metagenome.fasta # metagenoma│ │ con genes insertados│ ├── ds1/results/sim{1-10}/ds1_sim{N}_truthset.tsv # ground truth│ ├── ds2/ ... ds4/ # ídem para cada dataset experimental│ ├── control/│ │ └── control_metagenome.fasta # control negativo (ds0), sin inserción│ ├── base_genome_assignment.tsv # qué genoma cayó en qué dataset y por qué│ └── control_genome_list.tsv # genomas usados en el control negativo├── scripts/│ └── insert_resistance_genes.py # script de inserción de genes AMR└── genes_amr/ # pool de genes AMR fuente, por categoría├── amino/ (aminoglucósidos)├── betalac/ (β-lactámicos)├── colis/ (colistina)├── macro/ (macrólidos)├── sulfo/ (sulfonamidas)└── tetra/ (tetraciclinas)