DeePMD

<p align="center"> <strong> <span style="font-size: 30px;">DeePMD</span> </strong> </p> ## 数据集介绍 DeePMD 数据集是适配 `OneScience/DeePMD` 的 DeepMD-kit water 示例数据，用于分子动力学势能模型的训练、验证和测试。数据包包含 `water/data_0` 到 `water/data_3` 四个系统目录，每个目录包含 `type.raw`、`type_map.raw` 和一个或多个 `set.*` 数据分片。 当前数据包包含约 28 个文件，约 1.9 MB。 ## 仓库说明 本数据集适配 `OneScience/DeePMD` 模型仓库。模型和数据集目标 ID 相同，但 ModelScope `repo_type` 不同；本仓库为 dataset，模型仓库为 model。供模型使用时，推荐保持本数据集包根目录下的 `data/DeePMD/` 结构。 ## 文件说明 ### 数据下载 ```bash modelscope download --dataset OneScience/DeePMD --local_dir session_workdir ``` ### 数据文件 数据文件位于 `data/DeePMD/water/` 目录下： | 数据 | 格式 | 说明 | |---|---|---| | 系统类型 | raw | `type.raw`，原子类型索引 | | 类型映射 | raw | `type_map.raw`，当前为 `O H` | | 晶胞信息 | npy | `set.*/box.npy` | | 原子坐标 | npy | `set.*/coord.npy` | | 构型能量 | npy | `set.*/energy.npy` | | 原子受力 | npy | `set.*/force.npy` | | 校验清单 | SHA256 | `metadata/sha256_manifest.txt` | ## 数据放置与验证 独立验证时数据应放在： ```text data/DeePMD/ └── water/ ├── data_0/ ├── data_1/ ├── data_2/ └── data_3/ ``` DeePMD 标准模型包中的适配配置默认读取 `water/data_0`、`data_1`、`data_2` 作为训练数据，`data_3` 作为验证数据。 验证命令： ```bash python scripts/validate_deepmd.py --dataset-root data/DeePMD --checksum-manifest metadata/sha256_manifest.txt ``` ## 使用说明（支持的OneScience模型） 本数据集适配 `OneScience/DeePMD`，可用于 train、evaluate。使用时应保持本数据集包根目录下的 `data/DeePMD/` 结构，或在模型配置中指定实际下载位置。 ## OneScience 官方信息 | 平台 | OneScience 主仓库 | Skills 仓库 | |---|---|---| | Gitee | https://gitee.com/onescience-ai/onescience | https://gitee.com/onescience-ai/oneskills | | GitHub | https://github.com/onescience-ai/OneScience | https://github.com/onescience-ai/oneskills | ## 引用与许可证 本数据集是 `OneScience/DeePMD` 模型示例的配套数据，没有生成新样本或改变原始数据内容。使用限制和许可证以 DeepMD-kit、OneScience 仓库和 ModelScope 页面说明为准。