29个Laburnicola rhizohalophila菌株基因组序列
收藏国家林业和草原科学数据中心2024-06-14 更新2024-07-22 收录
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资源简介：
对29株L. rhizohalophila进行基因组测序。使用插入大小为350 bp的MGISEQ文库进行基因组重测序。采用MGISEQ-2000对端测序仪，测序长度为150 bp(华大基因，武汉，中国)。对于SNP调用，使用MEM模块和BWA v0.7.1756将过滤后的高质量DNA测序reads与JP44参考基因组进行比对。然后使用SAMtools v1.357对SAM对齐文件进行排序并转换为BAM文件。接下来，使用BCFtools v1.10.2包调用、筛选和合并snp。每个样品的过滤参数设置如下:“%QUAL < 20 || DP < 10 || DP > 400”。随后，使用VCFtools58进一步过滤合并的snp，参数为“—maf 0.02—max-missing 0.5—min-alleles 2—max-
提供机构：
国家林业和草原科学数据中心
创建时间：
2024-06-14
