RICD

Rice Indica cDNA Database (RICD) is an online MySQL-PHP driven database with a user-friendly web interface. It allows investigators to query the cDNA clones by keyword, genome position, nucleotide or protein sequence, and putative function. It also provides a series of information, including sequences, protein domain annotations, similarity search results, SNPs and InDels information, and hyperlinks to gene annotation in both The Rice Annotation Project Database (RAP-DB) and The TIGR Rice Genome Annotation Resource, expression atlas in RiceGE and variation report in Gramene of each cDNA.籼稻cDNA数据库（Rice Indica cDNA Database, RICD）是一款基于MySQL-PHP架构搭建的在线数据库，搭载友好易用的网页交互界面。该数据库支持研究人员通过关键词、基因组位置、核苷酸或蛋白质序列以及推定功能等维度检索cDNA克隆。此外，数据库还提供多类信息，包括序列数据、蛋白质结构域注释、相似性搜索结果、单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms, SNPs）与插入缺失（Insertions-Deletions, InDels）信息，同时为每条cDNA提供三类超链接：分别指向水稻注释项目数据库（The Rice Annotation Project Database, RAP-DB）与TIGR水稻基因组注释资源（The TIGR Rice Genome Annotation Resource）的基因注释页面、RiceGE的表达图谱页面，以及Gramene数据库中的变异报告页面。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

RICD是一个专注于籼稻全长cDNA的在线数据库，提供基于关键词、基因组位置、序列等的查询功能，并包含序列、注释和变异信息。该数据库涵盖广陆矮4号和明恢63两个籼稻品种的cDNA资源，分别由中国科学院和华中农业大学开发，共收录数万条EST和全长cDNA数据。