Molecular dynamics simulations results of the standard amino acids in aqueous solutions

Molecular Dynamics simulation results are given in the .xvg files. File names codify the system investigated: - The "VKEETPVd_" stands for the variables: Potential Energy (kJ/mol) Kinetic Energy (kJ/mol) Total Energy (kJ/mol) Conserved Energy (kJ/mol) Temperature (K) Pressure (bar) Volume (nm^3) Density (kg/m^3) - The uppercase letter stands for the amino acid in the mixture and it follows standard abbreviation. - "w" stands for the water, which is the solvent. - Next, there is a set of numbers, which specify the mole fraction composition. In this case, they are the digits after the decimal separator. - Last, the letters "a" or "g" were used to identify the force field used to model the amino acids. "a" stands for the OPLS-AA/M and "g" for the GROMOS 54A7. Example: VKEETPVd_Lw0010a.xvg contains the GROMACS' output data for NPT simulation of aqueous Leucine with 0.0010 mole fraction using OPLS-AA/M force field. We considered only the production data (5 to 10 ns). Standard Amino Acids Abbreviation: G = Glycine A = Alanine V = Valine L = Leucine I = Isoleucine P = Proline F = Phenylalanine Y = Tyrosine W = Tryptophan S = Serine T = Threonine C = Cysteine M = Methionine N = Asparagine Q = Glutamine D = Aspartic Acid (In this work, modeled in the form of Sodium salt) E = Glutamic Acid (In this work, modeled in the form of Sodium salt) K = Lysine (In this work, modeled in the form of Monohydrochloride salt) R = Arginine (In this work, modeled in the form of Monohydrochloride salt) H = Histidine EXCEPTIONS: For pure water simulations were simply named "water".

分子动力学（Molecular Dynamics）模拟结果存储于.xvg格式文件中。文件名对所研究的体系进行了编码，具体规则如下：
- 前缀“VKEETPVd_”依次对应以下物理量：势能（kJ/mol）、动能（kJ/mol）、总能量（kJ/mol）、守恒能量（kJ/mol）、温度（K）、压强（bar）、体积（nm³）与密度（kg/m³）。
- 文件名中的大写字母代表混合体系中的氨基酸，采用标准氨基酸缩写规则。
- 字符“w”代表溶剂水。
- 紧随其后的一组数字用于指定摩尔分数组成，此处为小数点后的数位。
- 文件名末尾的“a”或“g”用于标识模拟氨基酸所用的力场：“a”代表OPLS-AA/M力场，“g”代表GROMOS 54A7力场。

示例：VKEETPVd_Lw0010a.xvg文件包含了采用OPLS-AA/M力场、对摩尔分数为0.0010的亮氨酸（Leucine）水溶液进行NPT模拟的GROMACS输出数据。本数据集仅选取了生产模拟阶段（5 ns至10 ns）的数据。

标准氨基酸缩写对照表如下：
G = 甘氨酸（Glycine）
A = 丙氨酸（Alanine）
V = 缬氨酸（Valine）
L = 亮氨酸（Leucine）
I = 异亮氨酸（Isoleucine）
P = 脯氨酸（Proline）
F = 苯丙氨酸（Phenylalanine）
Y = 酪氨酸（Tyrosine）
W = 色氨酸（Tryptophan）
S = 丝氨酸（Serine）
T = 苏氨酸（Threonine）
C = 半胱氨酸（Cysteine）
M = 甲硫氨酸（Methionine）
N = 天冬酰胺（Asparagine）
Q = 谷氨酰胺（Glutamine）
D = 天冬氨酸（Aspartic Acid，本研究中以钠盐形式建模）
E = 谷氨酸（Glutamic Acid，本研究中以钠盐形式建模）
K = 赖氨酸（Lysine，本研究中以一盐酸盐形式建模）
R = 精氨酸（Arginine，本研究中以一盐酸盐形式建模）
H = 组氨酸（Histidine）

例外情况：纯水模拟的文件直接命名为"water"。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集提供了标准氨基酸在水溶液中的分子动力学模拟结果，包含多种能量参数、温度、压力等物理量的数据。数据文件采用特定命名规则编码了氨基酸类型、溶液组成和力场参数等关键信息，覆盖了20种标准氨基酸在不同条件下的模拟情况。