2014-2018年华南地区地方猪种全基因组SNP分子标记信息数据集

本数据集针对我国华南地区，包括广东、广西、福建、海南及云南等部分地区，测序了2014-2018年不同地方猪的全基因组重测序数据，同时利用了网上下载的国内外不同猪种的全基因组重测序数据。数据集共有226个样本，其中包含了本次项目重测序的16个华南地区地方猪种，共48个样本；下载数据共178个样本，包括其他13个国内地方猪种共78个样本、亚洲野猪共26个样本、5个欧洲商业猪种共27个样本、其他欧洲地方猪种共37个样本、欧洲野猪共9个样本以及4个外群样本。测序数据比对到猪的11.1参考基因，然后通过GATK软件进行SNP位点检测，最后整理、综合分析得到猪的全基因组SNP分子标记数据集，共含有4600万SNPs。根据现有数据的收集情况进行持续补充和完善，并采用完全开放共享。