Genome Taxonomy Database

The Genome Taxonomy Database (GTDB) is an online resource that creates a standardized, genome-based classification system for microbes (Bacteria and Archaea) using evolutionary relationships from whole genomes rather than traditional traits. It uses large sets of conserved genes and objective criteria like average nucleotide identity to assign taxonomic ranks and includes many genomes from cultured and uncultured organisms. The database and tools like GTDB-Tk let researchers classify and compare microbial genomes in a consistent phylogenetic framework.基因组分类数据库（Genome Taxonomy Database, GTDB）是一款在线资源，它摒弃传统表型特征，转而依托全基因组的进化关系，为微生物（细菌与古菌）构建标准化的基因组分类体系。该数据库依托海量保守基因集与平均核苷酸一致性等客观判定标准来划分分类层级，同时收录了大量可培养与不可培养微生物的基因组数据。此外，该数据库搭配GTDB-Tk等工具，可支持研究人员在统一的系统发育框架内完成微生物基因组的分类与比较分析。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

Genome Taxonomy Database（GTDB）是一个在线资源，它基于全基因组进化关系建立了一个标准化的微生物（细菌和古细菌）基因组分类系统，使用保守基因和客观标准进行等级划分。该数据库及相关工具（如GTDB-Tk）为研究人员提供了一个一致的系统发育框架，用于分类和比较微生物基因组。