Données Milieu Intérieur

Données Milieu Intérieur"
Challenge PREDICT

Description du projet et des données

Le premier jeu de données provient du LabeX « Milieu Intérieur » de l’Institut Pasteur [1]. Dans le cadre de ce LabeX, une étude a été menée sur 803 donneurs sains à qui on a prélevé -entre autres- des échantillons de sang total. Ces échantillons ont par la suite été utilisés pour mesurer l'expression d'un sous-ensemble de gènes dans différentes conditions de stimulation du système immunitaire [2] et pour mesurer des phénotypes de répartition en sous-populations de cellules du système immunitaire [3]. Les deux questions majeures posées sur ce jeu de données sont les suivantes : (i) peut on prédire la distribution des sous-populations cellulaires en fonctions des données d'expression et (ii) peut on identifier les sous-populations cellulaires qui vont répondre à un stimulus donné ?

Répartition des données

Données transcriptomiques : 803 individus x 560 transcrits x 7 conditions d'activation.
Données de répartition en populations cellulaires : 803 individus x 166 variables de quantification cellulaire (MFI ou nombre de cellules).

Chaque tableau de données est sauvegardé au format csv. La première colonne de ces fichiers contient le numéro des individus.

Références

1. Piasecka, B., Duffy, D., Urrutia, A., Quach, H., Patin, E., Posseme, C., … Milieu Intérieur Consortium, the M. I. (2018). Distinctive roles of age, sex, and genetics in shaping transcriptional variation of human immune responses to microbial challenges. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 115(3), E488–E497. https://doi.org/10.1073/pnas.1714765115
2. Thomas, S., Rouilly, V., Patin, E., Alanio, C., Dubois, A., Delval, C., … Albert, M. L. (2015). The Milieu Intérieur study — An integrative approach for study of human immunological variance. Clinical Immunology, 157(2), 277–293. https://doi.org/10.1016/J.CLIM.2014.12.004
3. Patin, E., Hasan, M., Bergstedt, J., Rouilly, V., Libri, V., Urrutia, A., … Albert, M. L. (2018). Natural variation in the parameters of innate immune cells is preferentially driven by genetic factors. Nature Immunology, 19(3), 302–314. https://doi.org/10.1038/s41590-018-0049-7