RNA FRABASE

The RNA FRABASE is a web-accessible engine with a relational database, which allows for the automatic search of user-defined, 3D RNA fragments within a set of RNA structures. This is a new tool to search and analyse RNA structures, directed at the 3D structure modelling. The user needs to input either RNA sequence(s) and/or secondary structure(s) given in a 'dot-bracket' notation. The algorithm searching for the requested 3D RNA fragments is very efficient.RNA FRABASE是一款搭载关系数据库的网页可访问引擎，可在给定的RNA结构集合中自动检索用户自定义的三维RNA片段。本工具为面向三维结构建模领域的新型RNA结构检索与分析工具，用户需输入以‘点括号标记法’给出的RNA序列以及（或）二级结构，其用于检索目标三维RNA片段的算法效率极高。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

RNA FRABASE是一个基于关系数据库的在线引擎，专用于在RNA三维结构中自动搜索用户定义的3D片段，支持以序列或点括号表示法输入RNA二级结构。该工具旨在辅助RNA三维结构建模，其数据库2.0版本整合了来自PDB存储的RNA结构的序列、原子坐标及角度参数等数据。