eccDNA Atlas

Extrachromosomal circular DNAs (eccDNAs) represent a large category of nonmitochondrial and nonplasmid circular extrachromosomal DNA, and eccDNAs play an indispensable role involved in various aspects such as tumorigenesis, immune responses and biomarker, etc. Here, we developed eccDNA Atlas, a user-friendly database of eccDNAs that aims to provide a high-quality and integrated resource for browsing, searching and analyzing eccDNAs such as sequence, function/characteristic, validation strategies, etc. from multiple species. eccDNA Atlas currently containing 629,987 eccDNAs and 8,221 ecDNAs manually curated from literatures and 1,105 ecDNAs predicted by AmpliconArchitect based on WGS data involved in 66 diseases, 57 tissues and 319 cell lines. Furthermore, abundant annotations and analyzing utilities were provided to explore eccDNA Atlas eccDNAs or user-defined eccDNAs such as oncogenes, typical enhancers, super enhancers, gene expression, survival, genome visualization, etc.染色体外环状DNA（extrachromosomal circular DNAs，eccDNAs）属于一类非线粒体、非质粒来源的环状染色体外DNA，其在肿瘤发生、免疫应答以及生物标志物研发等诸多领域均发挥着不可或缺的作用。本研究开发了eccDNA Atlas（eccDNA数据库），这是一款用户友好型的染色体外环状DNA数据库，旨在为多物种的eccDNA相关研究提供高质量整合资源，支持对eccDNA的序列、功能/特征、验证策略等信息进行浏览、检索与分析。目前，eccDNA Atlas收录了629,987条eccDNA与8,221条经文献人工整理注释的染色体外DNA（extrachromosomal DNA，ecDNAs），以及基于全基因组测序（whole genome sequencing，WGS）数据、通过AmpliconArchitect工具预测得到的1,105条ecDNA，相关数据涉及66种疾病、57种组织及319个细胞系。此外，该数据库还提供了丰富的注释信息与分析工具，可用于探索数据库内的eccDNA或用户自定义的eccDNA，涵盖癌基因、典型增强子、超级增强子、基因表达、生存分析、基因组可视化等多个分析方向。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

eccDNA Atlas 是一个用户友好的综合性数据库，旨在为多种物种的 eccDNAs 提供高质量集成资源，支持浏览、搜索和分析。该数据库目前包含从文献中手动整理的629,987个 eccDNAs 和 8,221个 ecDNAs，以及基于全基因组测序数据预测的1,105个 ecDNAs，涉及66种疾病、57种组织和319种细胞系，并提供丰富的注释和分析工具。