Covid-19 reproductiegetal

For English, see below

Het aantal COVID-19 gerelateerde hospitalisaties is al geruime tijd laag en COVID-19 is per 1 juli 2023 geen meldingsplichtige ziekte meer. Daarom wordt de data vanaf 11 juli 2023 niet meer bijgewerkt.

Het reproductiegetal R geeft het gemiddeld aantal mensen dat besmet wordt door één persoon met COVID-19. Voor de schatting van dit reproductiegetal gebruiken we het aantal gemelde COVID-19 ziekenhuisopnames per dag in Nederland. Dit aantal ziekenhuisopnames wordt bijgehouden door Stichting NICE (Nationale Intensive Care Evaluatie). Omdat een COVID-19 opname met enige vertraging doorgegeven wordt in het rapportagesysteem, corrigeren we het aantal opnames voor deze vertraging [1]. Voor een groot deel van de gemelde gevallen is de eerste ziektedag bekend. Deze informatie wordt gebruikt om de eerste ziektedag voor de ziekenhuisopnames te schatten. Door het aantal COVID-19 opnames per datum van eerste ziektedag weer te geven is direct te zien of het aantal infecties toeneemt, piekt of afneemt. Voor de berekening van het reproductiegetal is het ook nodig te weten wat de tijdsduur is tussen de eerste ziektedag van een COVID-19 geval en de eerste ziektedag van zijn of haar besmetter. Deze tijdsduur is gemiddeld 4 dagen voor SARS-CoV-2 varianten in 2020 en 2021, en gemiddeld 3.5 dagen voor recentere varianten, berekend op basis van COVID-19 meldingen aan de GGD. Met deze informatie wordt de waarde van het reproductiegetal berekend zoals beschreven in Wallinga & Lipsitch 2007 [2]. Tot 12 juni 2020 werd het reproductiegetal berekend op basis van COVID-19 ziekenhuisopnames, en tot 15 maart 2023 werd het reproductiegetal berekend op basis van COVID-19 meldingen aan de GGD’en.
[1] van de Kassteele J, Eilers PHC, Wallinga J. Nowcasting the Number of New Symptomatic Cases During Infectious Disease Outbreaks Using Constrained P-spline Smoothing. Epidemiology. 2019;30(5):737-745. doi:10.1097/EDE.0000000000001050.
[2] Wallinga J, Lipsitch M. How generation intervals shape the relationship between growth rates and reproductive numbers. Proc Biol Sci. 2007;274(1609):599-604. doi:10.1098/rspb.2006.3754.

Beschrijving van de variabelen:
Version: Versienummer van de dataset. Wanneer de inhoud van de dataset structureel wordt gewijzigd (dus niet de dagelijkse update of een correctie op record niveau), zal het versienummer aangepast worden (+1) en ook de corresponderende metadata in RIVMdata (https://data.rivm.nl).
Versie 2 update (8 februari 2022):
-In de berekening van het reproductiegetal wordt in plaats van de GGD meldingsdatum nu de datum van positieve testuitslag gebruikt.
Versie 3 update (17 februari 2022):
-In de berekening van het reproductiegetal wordt nu rekening gehouden met verschillende generatietijden voor verschillende varianten. Voor de varianten tot en met Delta is de gemiddelde generatietijd 4 dagen, vanaf Omikron is dat 3.5 dagen. Het hier gepubliceerde reproductiegetal is een gewogen gemiddelde van de reproductiegetallen per variant.
Versie 4 update (1 september 2022):
-Vanaf 1 september 2022 is deze dataset opgesplitst in twee delen. Het eerste deel bevat de data vanaf het begin van de pandemie tot en met 3 oktober 2021 (week 39) en bevat ‘tm’ in de bestandsnaam. Deze data wordt niet meer geüpdatet. Het tweede deel bevat de data vanaf 4 oktober 2021 (week 40) en wordt iedere dinsdag en vrijdag geüpdatet.
-Tot 31 augustus werd het gepubliceerde reproductiegetal berekend met de data van de dag voor publicatie. Vanaf 1 september is het gepubliceerde reproductiegetal berekend met de data van de dag van publicatie.
Versie 5 update (31 maart 2023):
-Vanaf 15 maart 2023 wordt het reproductiegetal berekend op basis van COVID-19 ziekenhuisopnames volgens de NICE ziekenhuisregistratie. Van 13 juni 2020 t/m 14 maart 2023 werd het reproductiegetal berekend op basis van COVID-19 meldingen aan de GGD. Het aantal meldingen wordt echter sterk bepaald door het testbeleid, en is door het aangepaste testbeleid per 10 maart 2023 en het sluiten van de GGD teststraten per 17 maart 2023 minder geschikt als basis voor het berekenen van het reproductiegetal. Tot en met 12 juni 2020 werd het reproductiegetal ook berekend op basis van ziekenhuisopnames, maar toen zoals gemeld aan de GGD.

Date: Datum waarvoor het reproductiegetal is geschat

Rt_low: Ondergrens 95% betrouwbaarheidsinterval

Rt_avg: Geschat reproductiegetal

Rt_up: Bovengrens 95% betrouwbaarheidsinterval

population: patiëntpopulatie met waarde “hosp” voor gehospitaliseerde patiënten of “testpos” voor test positieve patiënten

Voor recente R schattingen is de betrouwbaarheid niet groot, omdat de betrouwbaarheid afhangt van de tijd tussen infectie en ziek worden en de tijd tussen ziek worden en melden. Daarom is de variabele Rt_avg afwezig in de laatste twee weken.

--------------------------------------------------------------------------------

Covid-19 reproduction number

The number of COVID-19 related hospitalizations has been low for quite some time and COVID-19 is no longer a notifiable disease as of July 1, 2023. Therefore, the data will no longer be updated from July 11, 2023.

The reproduction number R gives the average number of people infected by one person with COVID-19. To estimate this reproduction number, we use the number of reported COVID-19 hospital admissions per day in the Netherlands. This number of hospital admissions is tracked by the NICE Foundation (National Intensive Care Evaluation). Because a COVID-19 admission is reported with some delay in the reporting system, we correct the number of admissions for this delay [1]. The first day of illness is known for a large proportion of the reported cases. This information is used to estimate the first day of illness for hospital admissions. By displaying the number of COVID-19 admissions per date of the first day of illness, it is immediately possible to see whether the number of infections is increasing, peaking or decreasing. To calculate the reproduction number, it is also necessary to know the length of time between the first day of illness of a COVID-19 case and the first day of illness of his or her infector. This duration is an average of 4 days for SARS-CoV-2 variants in 2020 and 2021, and an average of 3.5 days for more recent variants, calculated on the basis of COVID-19 reports to the PHS. With this information, the value of the reproduction number is calculated as described in Wallinga & Lipsitch 2007 [2]. Until June 12, 2020, the reproduction number was calculated on the basis of COVID-19 hospital admissions, and until March 15, 2023, the reproduction number was calculated on the basis of COVID-19 reports to the GGDs.
[1] van de Kassteele J, Eilers PHC, Wallinga J. Nowcasting the Number of New Symptomatic Cases During Infectious Disease Outbreaks Using Constrained P-spline Smoothing. Epidemiology. 2019;30(5):737-745. doi:10.1097/EDE.0000000000001050.
[2] Wallinga J, Lipsitch M. How generation intervals shape the relationship between growth rates and reproductive numbers. Proc Biol Sci. 2007;274(1609):599-604. doi:10.1098/rspb.2006.3754.

Description of the variables:
Version: Version number of the dataset. When the content of the dataset is structurally changed (so not the daily update or a correction at record level), the version number will be adjusted (+1) and also the corresponding metadata in RIVMdata (https://data.rivm.nl).
Version 2 update (February 8, 2022):
- In the calculation of the reproduction number, the date of the positive test result is now used instead of the PHS notification date.
Version 3 update (February 17, 2022):
- The calculation of the reproduction number now takes into account different generation times for different variants. For the variants up to and including Delta, the average generation time is 4 days, from Omikron it is 3.5 days. The reproduction number published here is a weighted average of the reproduction numbers per variant.
Version 4 update (September 1, 2022):
- As of September 1, 2022, this dataset is split into two parts. The first part contains the dates from the start of the pandemic till October 3, 2021 (week 39) and contains "tm" in the file name. This data will no longer be updated. The second part contains the data from October 4, 2021 (week 40) and is updated every Tuesday and Friday.
- Until August 31, the published reproduction number was calculated with the data of the day before publication. From September 1, the published reproduction number is calculated with the data of the day of publication.
Version 5 update (March 31, 2023):
- As of March 15, 2023, the reproduction number is calculated based on COVID-19 hospital admissions according to the NICE hospital registry. From June 13, 2020 to March 14, 2023, the reproduction number was calculated on the basis of COVID-19 reports to the PHS. However, the number of reports is strongly determined by the test policy, and is less suitable as a basis for calculating the reproduction number due to the adjusted test policy as of March 10, 2023 and the closure of the PHS test lanes as of March 17, 2023. Until 12 June 2020, the reproduction number was also calculated on the basis of hospital admissions, but then as reported to the PHS.

Date: Date for which the reproduction number was estimated

Rt_low: Lower limit 95% confidence interval

Rt_avg: Estimated reproduction number

Rt_up: Upper bound 95% confidence interval

population: patient population with value “hosp” for hospitalized patients or “testpos” for test positive patients

For recent R estimates, the reliability is not great, because the reliability depends on the time between infection and becoming ill and the time between becoming ill and reporting. Therefore, the variable Rt_avg is absent in the last two weeks.

自2023年7月1日起，COVID-19已不再是法定报告性疾病，因此相关住院病例数已持续处于较低水平。据此，自2023年7月11日起，相关数据将不再更新。

繁殖数R表示一个COVID-19感染者平均感染的人数。为了估算此繁殖数，我们使用荷兰每日报告的COVID-19住院病例数。此住院病例数由NICE基金会（国家重症监护评估）跟踪。由于COVID-19住院病例在报告系统中存在一定的延迟，因此我们对该延迟进行了修正[1]。对于大部分报告的病例，已知的首次发病日被用于估算住院病例的首次发病日。通过按首次发病日显示COVID-19住院病例数，可以立即观察到感染人数是增加、达到峰值还是减少。为了计算繁殖数，还需要知道COVID-19病例首次发病日与其感染者首次发病日之间的时间长度。对于2020年和2021年的SARS-CoV-2变种，该时间长度平均为4天，而对于较新的变种，该时间长度平均为3.5天，这一数据基于对公共卫生局的COVID-19报告。利用这些信息，根据Wallinga & Lipsitch 2007年[2]的描述计算繁殖数的值。直至2020年6月12日，繁殖数的计算基于COVID-19住院病例，直至2023年3月15日，繁殖数的计算基于向地方卫生服务部门的COVID-19报告。

[1] van de Kassteele J, Eilers PHC, Wallinga J. Nowcasting the Number of New Symptomatic Cases During Infectious Disease Outbreaks Using Constrained P-spline Smoothing. Epidemiology. 2019;30(5):737-745. doi:10.1097/EDE.0000000000001050.

[2] Wallinga J, Lipsitch M. How generation intervals shape the relationship between growth rates and reproductive numbers. Proc Biol Sci. 2007;274(1609):599-604. doi:10.1098/rspb.2006.3754.

变量描述：
版本：数据集的版本号。当数据集的内容发生结构性变化时（即非每日更新或记录级别的更正），版本号将进行调整（+1），并在RIVMdata（https://data.rivm.nl）中更新相应的元数据。
版本2更新（2022年2月8日）：在繁殖数的计算中，现在使用阳性测试结果日期而不是公共卫生局通知日期。
版本3更新（2022年2月17日）：在繁殖数的计算中，现在考虑不同变种的不同生成时间。对于Delta及以前的变种，平均生成时间为4天，从奥密克戎开始为3.5天。此处发布的繁殖数是各变种繁殖数的加权平均值。
版本4更新（2022年9月1日）：自2022年9月1日起，该数据集分为两部分。第一部分包含从大流行开始至2021年10月3日（第39周）的数据，文件名中包含“tm”。这些数据将不再更新。第二部分包含2021年10月4日（第40周）及以后的数据，每周二和周五更新。
-直至8月31日，发布的繁殖数使用发布前一天的数据进行计算。从9月1日起，发布的繁殖数使用发布当天的数据计算。
版本5更新（2023年3月31日）：自2023年3月15日起，繁殖数基于NICE医院登记的COVID-19住院病例计算。从2020年6月13日至2023年3月14日，繁殖数基于向地方卫生服务部门的COVID-19报告计算。然而，由于自2023年3月10日起调整的检测政策以及3月17日关闭公共卫生局检测通道，报告数强烈受检测政策的影响，因此不再适合作为计算繁殖数的基础。直至2020年6月12日，繁殖数也基于住院病例计算，但那时是基于向公共卫生局报告的数据。
日期：估算繁殖数的日期
Rt_low：95%置信区间的下限
Rt_avg：估算的繁殖数
Rt_up：95%置信区间的上限
population：患者人群，其中“hosp”代表住院患者，“testpos”代表检测结果为阳性患者
对于最近的R估算，可靠性不高，因为可靠性取决于感染与发病之间的时间以及发病与报告之间的时间。因此，在最后两周中，变量Rt_avg不存在。