Données pour la thèse "UTILISATION DE L’ADN MITOCHONDRIAL ENVIRONNEMENTAL POUR IDENTIFIER LES SOURCES DE CONTAMINATIONS FÉCALES DANS LES EAUX DE SURFACE AU QUÉBEC"

L’eau douce est vitale, rare et précieuse, puisqu’elle représente seulement 3% des ressources en eau disponibles sur Terre. Pourtant, la qualité de cette ressource est altérée consécutivement à son utilisation inefficace pour répondre à nos besoins. Parmi les pollutions de l’eau, les contaminations fécales constituent une problématique majeure qui affecte les piliers économiques, sociaux, sanitaires et environnementaux de la gouvernance des activités humaines. Ces pollutions fécales ont des origines diverses, diffuses et délicates à contrôler, telles qu’urbaines (eaux usées domestiques), agricoles (effluents, élevages, épandages) ou provenant de la faune sauvage. Si aujourd’hui nous sommes en mesure d’évaluer la qualité de l’eau par l’utilisation de normes reposant sur des indicateurs microbiologiques de contamination fécale (FIB), nous ne disposons pas d’outils pour en identifier les sources. Dans le cadre de cette thèse, nous proposions d’utiliser l’ADN mitochondrial (mtDNA) pour tracer les sources de contaminations fécales dans l’environnement hydrique, en se basant sur sa spécificité rigoureuse à son hôte et son abondance dans les fèces. Ainsi, l’hypothèse générale de recherche était qu’en optimisant les volets caractéristiques d’un bon traceur de contamination fécale, le mtDNA permettrait une gestion efficace de la qualité de l’eau en identifiant précisément le(s) espèce(s) à l’origine de la pollution. Les objectifs visaient à approfondir les notions sur la persistance environnementale du mtDNA, le développement d’une méthode visant à cribler l’ensemble des espèces hôtes pouvant être à l’origine d’une pollution fécale, et la pertinence réglementaire du mtDNA vis-à-vis des FIB. Tout d’abord, ces travaux ont permis d’identifier des variables environnementales covariant avec les dynamiques de dégradation du mtDNA dans l’eau, et de constater que ce dernier persistait moins longtemps que les FIB à température ambiante. Dans un second temps, l’utilisation du mtDNA a été optimisée avec succès dans une démarche de séquençage métagénomique de l’ARNr 16S, visant à cribler et identifier les homéothermes dans l’eau (mammifères et oiseaux), susceptibles d’être à l’origine d’une contamination fécale. Enfin, les FIB et les paramètres généraux de la qualité de l’eau covariaient significativement avec l’abondance relative de certaines espèces e.g. humains, bovins, canard colvert et poules domestiques. A l’issue de ce projet de recherche, nous avons constaté que l’approche métagénomique du mtDNA était pertinente pour le suivi des contaminations fécales. Néanmoins, la gestion des flux de pollutions fécales serait bien plus complexe qu’escomptée en raison de ses propriétés diffuses.