本数据集记录墨西哥16种无刺蜂(Meliponini族)的肠道微生物多样性研究结果,通过16S rRNA基因测序分析其核心细菌共生体组成,包括变形菌门、厚壁菌门等优势菌门及乳酸菌等优势属,揭示不同食性蜂种的微生物群落差异,为保护传粉昆虫微生物多样性提供依据。