OncoDB

An online database resource to explore abnormal patterns in gene expression as well as viral infection that are correlated to clinical features in cancer. Specifically, OncoDB integrated RNA-seq, DNA methylation, and related clinical data from over 10 000 cancer patients in the TCGA study as well as from normal tissues in the GTEx study.本在线数据库资源旨在探索与癌症临床特征相关的基因表达异常模式及病毒感染情况。具体而言，OncoDB整合了来自癌症基因组图谱（TCGA）研究中一万余名癌症患者的RNA测序（RNA-seq）、DNA甲基化（DNA methylation）及相关临床数据，同时纳入了基因型组织表达（GTEx）研究中的正常组织数据。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

OncoDB是一个面向癌症研究者的综合多组学数据库，整合了约10,000名患者的RNA表达、DNA甲基化、体细胞突变、蛋白质组学和染色质可及性数据，涵盖33种癌症类型。它支持肿瘤与正常组织的比较分析、差异基因表达、生存分析以及多组学关联探索，并包括致癌病毒对基因表达和患者生存影响的研究。