Evaluating computational approaches for comparison of protein expression across cancer indications
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######################################################################################################### CPTAC PAN cancer imputed and normalized data ######################################################################################################### R Code snippetiBAQ = readRDS("/your path/iBAQ.rds")table(iBAQ$normalized)# CN No QN QN riBAQ Smooth QN # 17435640 17435640 17435640 17435640 17435640 library(dplyr)full.qn <- iBAQ %>% filter(normalized=="QN")OV <- full.qn %>% filter(Indication=="OV")%>% filter(Tissue=="Tumor")OV_4genes <- OV[OV$Gene%in% c("CDH6", "FOLR1", "ERBB2", "TACSTD2"),]
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2025-09-26
