Simple Modular Architecture Research Tool

SMART (Simple Modular Architecture Research Tool) is a web resource providing simple identification and extensive annotation of protein domains and the exploration of protein domain architectures. It allows the identification and annotation of genetically mobile domains and the analysis of domain architectures. More than 500 domain families found in signalling, extracellular and chromatin-associated proteins are detectable. These domains are extensively annotated with respect to phyletic distributions, functional class, tertiary structures and functionally important residues. Each domain found in a non-redundant protein database as well as search parameters and taxonomic information are stored in a relational database system. User interfaces to this database allow searches for proteins containing specific combinations of domains in defined taxa.SMART（Simple Modular Architecture Research Tool，简单模块化结构研究工具）是一款在线资源，可实现蛋白质结构域的便捷识别与全面注释，并支持蛋白质结构域架构的探索研究。该工具可完成遗传可移动结构域的识别与注释，同时可开展结构域架构的分析工作。可检测到信号转导、胞外及染色质相关蛋白中存在的500余个结构域家族。针对系统发育分布、功能类别、三级结构及功能关键残基，这些结构域均已完成详尽注释。非冗余蛋白质数据库中收录的各类结构域，以及搜索参数与分类学信息，均存储于关系型数据库系统内。该数据库的用户界面支持针对指定分类群中包含特定结构域组合的蛋白质进行检索。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

SMART（Simple Modular Architecture Research Tool）是一个用于蛋白质结构域识别、注释和结构域架构分析的网络资源。它提供两种运行模式（Normal和Genomic），分别基于不同的蛋白质数据库，以支持基因组探索和架构查询。该工具覆盖超过500个结构域家族，并包含详细的注释信息。