CRISPR Gene Design API
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资源简介：
Design CRISPR GUID RNAs for any DNA sequence. SpCas9, SaCas9, Cas12a supported. Off-target analysis included. On-premise -- sequences never stored.
创建时间：
2026-06-02
原始信息汇总
CRISPR Gene Design API 数据集详情
API 概述
该API用于为任何DNA序列设计CRISPR指导RNA（guide RNA），支持多种核酸酶（如SpCas9、SaCas9、Cas12a），并包含脱靶分析功能。所有计算在本地专用硬件上运行，序列不会被存储、记录或共享，采用符合HIPAA要求的架构，适用于敏感基因组数据。
核心功能端点
- POST /crispr/design：为目标DNA序列设计排名后的指导RNA。
- 请求字段：
sequence（必填，目标DNA序列，最小30nt，仅含ATCGN）、nuclease（可选，默认为SpCas9，支持SpCas9、SaCas9、Cas12a、CjCas9、SpRY、Cas9-NG）、pam（可选，PAM序列，省略时自动设置）、n_guides（可选，返回指导数，默认10，最大50）、min_score（可选，最低效率分数筛选，0.0-1.0，默认0.0）。 - 响应示例：返回状态、指导序列列表（含序列、分数、GC含量、PAM、链方向、位置）、核酸酶、PAM、序列长度、延迟时间。
- 请求字段：
- POST /crispr/batch：为多个序列（最多100个）批量设计指导RNA。
- 请求体：
sequences（数组）、nuclease、pam。 - 响应：每个序列的指导结果及总数。
- 请求体：
- POST /crispr/score：对现有指导RNA进行靶向效率评分。
- 请求体：
guide_rna、nuclease。 - 响应：指导RNA序列、分数、GC含量、等级、延迟时间。
- 请求体：
- POST /crispr/offtarget：预测基因组区域中的脱靶切割位点。
- 请求体：
guide_rna、genome_excerpt、max_mismatches（最大错配数）。 - 响应：脱靶位点列表（含位置、错配数、分数）。
- 请求体：
- GET /crispr/nucleases：列出所有支持的核酸酶及其PAM序列（免费，无配额限制）。
支持的核酸酶
| 核酸酶 | PAM | 切割类型 | 最佳用途 |
|---|---|---|---|
| SpCas9 | NGG | 平末端 | 通用，最高靶向效率 |
| SaCas9 | NNGRRT | 平末端 | AAV递送，较小尺寸 |
| Cas12a (Cpf1) | TTTV | 粘性末端 | HDR编辑，更好的多重性 |
| CjCas9 | NNNNRYAC | 平末端 | 体内递送，最小已知Cas9 |
| SpRY | NRN/NYN | 平末端 | 近PAMless，最大靶向范围 |
| Cas9-NG | NG | 平末端 | 宽松PAM，扩展靶点 |
评分系统
指导RNA的评分范围为0.0至1.0，基于复合规则模型：
- 0.85-1.0（A级）：优秀，推荐使用。
- 0.70-0.84（B级）：良好，适用于大多数应用。
- 0.55-0.69（C级）：可接受，需实验验证。
- 0.40-0.54（D级）：较差，考虑替代方案。
- 0.0-0.39（F级）：不推荐。
评分因素包括GC含量（最佳40-70%）、种子区域组成、PAM近端序列和同聚物规避。
隐私与安全
- 无数据保留：序列在内存中处理后立即丢弃。
- 本地计算：所有运算在俄勒冈州波特兰市的专用硬件上运行。
- 无第三方API：序列不离开服务器。
- HIPAA友好：适用于敏感基因组数据。
- 标准使用无需BAA。
性能
- 平均延迟：设计约7ms，批量约8ms，脱靶约15ms。
- 硬件：NVIDIA RTX 4000 GPU集群，94GB RAM。
- 正常运行时间：99.9%（专用硬件）。
- 无冷启动：模型始终预热。
代码示例
提供Python、JavaScript、R语言的API调用示例，包括请求头设置和响应数据处理。
支持与联系
- 文档：https://api.emovision.net/docs
- 邮箱：support@townsendsdesigns.com
- 开发者：Jordan Townsend，Townsends Designs LLC，波特兰俄勒冈州
