CNCDatabase

CNCDatabase documents 1111 protein-coding genes and 90 non-coding RNAs with reported drivers in their non-coding regions from 32 cancer types by computational predictions of positive selection using whole-genome sequences; differential gene expression in samples with and without mutations; or another set of experimental validations including luciferase reporter assays and genome editing.CNCDatabase 收录了来自32种癌症类型的1111个蛋白质编码基因（protein-coding genes）与90个非编码RNA（non-coding RNAs），上述分子的非编码区域均存在已报道的驱动突变。该数据库中的驱动突变通过三类方法完成鉴定：基于全基因组序列的正选择（positive selection）计算预测、对比携带与未携带突变样本的差异基因表达（differential gene expression）分析，以及包含荧光素酶报告基因实验（luciferase reporter assays）与基因组编辑（genome editing）在内的另一组实验验证。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

CNCDatabase是一个专注于非编码癌症驱动因子的数据库，涵盖基因启动子、增强子、非编码RNA和CTCF-cohesin绝缘子等区域，基于超过25项研究。它收录了1111个蛋白质编码基因和90个非编码RNA，这些数据通过计算预测、差异基因表达分析及实验验证方法从32种癌症类型中识别，旨在帮助研究人员探索非编码变异在癌症中的病理作用。