Charakterystyka molekularna szczepów z rodzaju Clostridium izolowanych z treści jelitowej kurcząt żywionych paszami z udziałem przetworzonego białka owadziego

Celem badań było określenie przynależności gatunkowej oraz występowania genów warunkujących wytarzanie toksyn botulinowych (genów ntnh wspólnych dla wszystkich szczepów z rodzaju Clostridium zdolnych do produkcji toksyn botulinowych). Analizy były przeprowadzane przy zastosowaniu testu PCR do wykrywania genów 16S rRNA, następnie uzyskane produkty były poddawane sekwencjonowaniu Sanger’a. Odczytane sekwencje poddawano analizie przy zastosowaniu algorytmu BLAST (NCBI) w celu określenia ich podobieństwa do sekwencji zdeponowanych w bazie GenBank (NCBI). Z uzyskanych sekwencji skonstruowano także drzewo filogenetyczne przy zastosowaniu oprogramowania MEGA11. Przeprowadzone badania nie wykazały obecności genów ntnh świadczących o zdolności do wytwarzania toksyn botulinowych. Badane szczepy nie stanowiły zatem bezpośredniego niebezpieczeństwa epidemiologicznego związanego z potencjalną możliwością wywołania botulizmu. Analiza produktów 16S rRNA PCR wskazała, że najwięcej badanych szczepów wykazywało podobieństwo do gatunków C. sporogenes i C. tepidum. W grupach eksperymentalnych zaobserwowano obecność sekwencji podobnych do Paraclostridium benzolelyticum, C. cochlearium, [Para]Clostridium bifirmentans, Paeniclostridium sordelli. Gatunki te mogą posiadać zarówno cechy patogenne, ale jednocześnie niektóre szczepy mogą wykazywać cechy probiotyczne. Obecność wspomnianych sekwencji może być związana z wyższą liczbą Clostridium spp. odnotowywaną w jelitach pozyskanych od kurcząt skarmianych IPAP oraz większą różnorodnością genetyczną mikrobiomu beztlenowego.Badania biochemiczne przeprowadzone przy zastosowaniu testów VITEK 2 ANC nie dały możliwości pełnej identyfikacji poddawanych badaniom izolatów. W większości testy te umożliwiały jedynie uzyskanie statusu „low discrimination” w grupach kontrolnych i eksperymentalnych (21 szczepów), co stanowiło niskie rozróżnienie gatunkowe. Spośród nich 15 wykazywało jednoczesne podobieństwo do gatunków: C. bifermentans, C. difficile, C. sporogenes jednocześnie w grupach kontrolnych i eksperymentalnych. Status „Excelent identification” uzyskały jedynie 3 szczepy, które zostały zidentyfikowane jako C. sporogenes. Realizacja działania naukowego umożliwiła wychwycenie pewnych różnic w składzie gatunkowym pomiędzy grupami kontrolnymi (grupy skarmiane paszami bez dodatku IPAP), a grupami eksperymentalnymi (grupy skarmiane paszami z dodatkiem IPAP). W szczególności wskazała na obecność szczepów Closridium spp., które mogą pozytywnie wpływać na dobrostan zwierząt. Wcześniejsze badanie ilościowe wskazało na wyższą liczbę Clostridium spp. w jelitach drobiu skarmianego paszami z udziałem IPAP. Wyniki badań uzyskane w ramach niniejszego działania wykazały większą różnorodność gatunkową w grupach eksperymentalnych w porównaniu z grupami kontrolnymi.