DMC

<p align="center"> <strong> <span style="font-size: 30px;">DMC</span> </strong> </p> ## 数据集介绍 DMC 是面向 `OneScience/MACE` 入门训练示例的溶剂 XTB extxyz 数据集，包含 `solvent_xtb_train_200.xyz` 和 `solvent_xtb_test.xyz` 两个文件。字段与 MACE 原始 `DMC.yaml` 中的 `energy_key: energy_xtb`、`forces_key: forces_xtb` 一致，可用于机器学习原子间势的入门训练、验证和测试。 训练文件包含 203 帧（200 个训练构型 + 3 个 isolated atom 构型），测试文件包含 1000 帧。元素集合为 H、C、O。 该数据集是 OneScience MACE 入门训练示例的配套数据，不用于复现全量研究规模的训练。 ## 仓库说明 本数据集适配 `OneScience/MACE`，用于其 `matchem/mace/DMC` 示例路径。供模型使用时，推荐放到模型包根目录下的 `data/DMC/`。 ## 文件说明 ### 数据下载 ```bash modelscope download --dataset OneScience/DMC --local_dir session_workdir ``` ### 数据文件 数据文件位于 `data/DMC/` 目录下： | 数据 | 格式 | 说明 | |---|---|---| | 训练集 | extxyz | `solvent_xtb_train_200.xyz`，共 203 帧（200 个训练构型 + 3 个 isolated atom 构型） | | 测试集 | extxyz | `solvent_xtb_test.xyz`，共 1000 帧 | | 校验清单 | SHA256 | `metadata/sha256_manifest.txt` | ### 数据格式 数据格式为 extxyz。每个构型由原子数行、comment 行和原子行组成。comment 行包含 `Properties`、`energy_xtb` 和 `pbc`。原子行包含元素、坐标、可选 `molID` 和 `forces_xtb`。 | 字段 | 说明 | |---|---| | `species` | 元素符号，当前元素集合为 H、C、O | | `pos` | 原子坐标，shape `[num_atoms, 3]`，单位 Å | | `molID` | 分子编号，isolated atom 构型中可能不存在 | | `forces_xtb` | XTB 计算得到的原子受力，shape `[num_atoms, 3]`，单位 eV/Å | | `energy_xtb` | XTB 计算得到的构型总能量，单位 eV | | `pbc` | 周期边界条件 | ## 数据放置与验证 模型默认数据路径： ```text <MODEL_REPO_ROOT>/data/DMC/ ``` 可将 `data/DMC/` 放到模型包： ```bash mkdir -p <MODEL_REPO_ROOT>/data/DMC cp data/DMC/solvent_xtb_train_200.xyz <MODEL_REPO_ROOT>/data/DMC/ cp data/DMC/solvent_xtb_test.xyz <MODEL_REPO_ROOT>/data/DMC/ ``` 验证命令： ```bash python scripts/validate_dmc.py --dataset-root data/DMC --checksum-manifest metadata/sha256_manifest.txt ``` ## 使用说明（支持的OneScience模型） 本数据集适配 `OneScience/MACE`，可用于 preflight、train、evaluate。用于 MACE 训练时，建议将 `data/DMC/` 保持在模型包根目录下，或将配置中的数据路径改到实际下载位置。 ## OneScience 官方信息 | 平台 | OneScience 主仓库 | Skills 仓库 | |---|---|---| | Gitee | https://gitee.com/onescience-ai/onescience | https://gitee.com/onescience-ai/oneskills | | GitHub | https://github.com/onescience-ai/OneScience | https://github.com/onescience-ai/oneskills | ## 引用与许可证 本数据集是 `OneScience/MACE` 入门训练示例的配套数据，没有生成新样本或改变原始数据内容。使用限制和许可证以原始 DMC 数据来源、OneScience 仓库和 ModelScope 页面说明为准。