Salicornia neei Transcriptome or Gene expression. Salicornia neei

Sarcocornia neei, es una plata Halófita nativa de Sur América y que se ha propuesto como alternativa para la recuperación de compuestos nitrogenados utilizados en la acuicultura marina en tierra. Para comprender el comportamiento de esta planta a nivel molecular frente a concentraciones comunes de NH4Cl de un efluente de acuicultura, se procedió a realizar una caracterización genómica y un análisis del transcriptoma usando la tecnología de Illumina HiSeq 2000. En este estudio se obtuvo un total de 145 millones de lecturas de alta calidad a partir tejido de S. neei expuesto a un tratamiento 3 mM NH4Cl y un control sin NH4Cl. El ensamble de novo produjo 96.336 contigs no redundantes con un tamaño medio de 587 pb. Todos los contigs fueron comparados en contra de las bases de datos públicas NR, Refseq y SwissProt, con las que se logró la recuperación de términos GO para 38.782 contigs. Se identificaron una gran cantidad de genes relacionados con procesos metabólicos, fotosintéticos, transportadores de iones y agua, detoxificantes. Por otro lado el análisis de expresión diferencial (DEGs) identificó a 1.853 genes regulados diferencialmente, de los cuales el 85% (1596) corresponde a genes regulados hacia arriba. De estos 638 contigs fueron asignados con una o varias funciones biológicas. Los datos de este estudio contienen la secuenciación del transcriptoma de S.neei, así como la anotación de los genes ortólogos. Este conocimiento contribuye al conocimiento de este recurso genético y su potencial como biorremediador de efluentes de acuicultura marina.