差异表达的miRNA

样品总RNA提取后，首先利用T4连接酶在miRNA两端连接保护接头，再通过反转录生成cDNA，最后进行PCR扩增，对140-160 bp长度范围的PCR产物进行回收即为测序文库。使用Illumina Hiseq2500进行测序。文库构建及测序工作由联川生物完成。筛选碱基长度在18-25 nt的序列，通过在与miRNA数据库miRbase 22.0 (http://www.mirbase.org/)比对，鉴定已知的miRNA并发现新的miRNA序列，比对中允许序列内部有一个碱基出现错配。通过归一化的TPM（transcripts per million）值来表征miRNA的转录水平。利用TargetFinder对miRNA的靶基因进行预测，允许有不超过4个碱基的错配。