PanCircBase

In this study, we analyzed publicly available RNA-sequencing datasets of the pancreatic islets to catalog all circRNAs expressed in pancreatic islets to construct the PanCircBase (https://www.pancircbase.net/) database that provides the following resources: 1) pancreatic islet circRNA annotation details (genomic position, host gene, exon information, splice length, sequence, other database IDs, cross-species conservation), 2) divergent primers for PCR analysis of circRNAs, 3) siRNAs for silencing of target circRNAs, 4) miRNAs associated with circRNAs, 5) possible protein-coding circRNAs and their polypeptides. In summary, this is a comprehensive online resource for exploring circRNA expression and its possible function in pancreatic β-cells.本研究针对公开可得的胰腺胰岛RNA测序数据集展开分析，旨在编目胰腺胰岛中表达的所有环状RNA (circRNA)，并构建PanCircBase数据库（https://www.pancircbase.net/）。该数据库提供以下资源：1) 胰腺胰岛环状RNA注释详情，涵盖基因组位置、宿主基因、外显子信息、剪接长度、序列、其他数据库ID以及跨物种保守性；2) 用于环状RNA PCR分析的发散引物；3) 用于沉默目标环状RNA的小干扰RNA (siRNA)；4) 与环状RNA相关的微小RNA (miRNA)；5) 潜在的编码蛋白质环状RNA及其编码多肽。综上，本数据库是一款用于探究胰腺β细胞中环状RNA表达模式及其潜在功能的综合性在线资源。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

PanCircBase是一个专注于胰腺胰岛环状RNA的综合性数据库，收录了超过66,000个小鼠胰腺胰岛中表达的环状RNA，并提供注释、引物、siRNA、miRNA和潜在翻译产物等资源。该数据库旨在支持研究人员探索环状RNA在胰腺胰岛或β细胞中的表达及其潜在功能，但其预测结果需通过实验进一步验证。