新孢无柄盘菌77个菌株比较分析
收藏国家林业和草原科学数据中心2024-09-19 更新2024-11-16 收录
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资源简介：
对77个个体进行全基因组重测序。使用带有MEM模块的BWA v0.7.17将高质量reads与参考基因组对齐。使用SAMtools v1.3对SAM对齐文件进行排序并转换为BAM文件。然后应用GATK包中实现的HaplotypeCaller、CombineGVCFs、GenotypeGVCFs、SelectVariants和VariantFiltration，使用“QD < 2.0 || FS > 80.0 || MQ < 20.0 | SOR > 3.0 | MQRankSum <−12.5 || ReadPosRankSum <−8.0 || QUAL < 40.0”标准调用、选择和过滤snp。对所有SNP集进行筛选，每个位点最多有50%的缺失数据，最小次要等位基因频率(MAF)为0.02。
提供机构：
国家林业和草原科学数据中心
创建时间：
2024-09-19
