HCC01 and HCC03 Stereo-seq Data

We profiled two HCC tumor tissues (HCC01 and HCC03) using a new DNA nanoball (DNB)-based spatial transcriptomics technology named Stereo-seq, and segmented the data into 100 * 100 DNB bins (bin 100 resolution, ~50μm diameter). After basic quality control and filtering, we retrieved transcriptomic information from 36,776 and 23,941 bins from HCC01 and HCC03 tumors respectively, with ~4,000 genes and ~14,500 unique molecular identifiers (UMIs) per bin.

我们采用基于DNA纳米球（DNA nanoball, DNB）的新型空间转录组学技术Stereo-seq，对两例肝细胞癌（hepatocellular carcinoma, HCC）肿瘤组织（HCC01与HCC03）完成了转录组谱分析；随后将所得测序数据分割为100×100个DNA纳米球分区（bin），单个分区直径约50μm，分辨率为bin 100。经过基础质量控制与过滤流程后，我们分别从HCC01和HCC03肿瘤的36776个与23941个分区中获取了转录组信息，每个分区平均包含约4000个基因与14500个独特分子标识符（unique molecular identifiers, UMIs）。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集提供了两个肝细胞癌（HCC）肿瘤组织（HCC01和HCC03）的空间转录组数据，使用Stereo-seq技术生成，包含不同分辨率（bin10和bin100）的RDS文件，总大小约4.08 GB。数据经过基本质量控制，每个bin包含约4,000个基因和14,500个UMI，适用于肿瘤免疫学和细胞类型分析等研究。数据集具有明确的版本历史、使用指标和CC BY 4.0许可证，便于学术共享和进一步分析。