CRISPRepi

CRISPRepi is a pioneering platform that consolidates extensive sequencing data from 671 meticulously curated RNA-seq, ChIP-seq, Bisulfite-seq and ATAC-seq datasets in 87 cell types manipulated by 74 epigenome editing systems. In total, we have curated 5962 sgRNAs associated with 283 target genes from 2277 samples across six species. CRISPRepi incorporates tools for analyzing editing outcomes and assessing off-target effects by analyzing gene expression changes pre- and post-editing, along with the details of multi-omic epigenetic landscapes.CRISPRepi是一款开创性的整合型平台，汇集了经严格筛选质控的671组测序数据集，涵盖87种经74种表观基因组编辑系统操控的细胞类型的RNA测序（RNA-seq）、染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）、亚硫酸氢盐测序（Bisulfite-seq）与转座酶可及性测序（ATAC-seq）数据。本数据集共从6个物种的2277个样本中，筛选得到5962条与283个靶基因相关的单向导RNA（sgRNAs）。CRISPRepi集成了配套分析工具，可通过比对编辑前后的基因表达变化，分析编辑结果并评估脱靶效应，同时可完整呈现多组学表观遗传图谱的详细信息。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

CRISPRepi是一个专注于CRISPR表观基因组编辑的多组学图谱平台，整合了来自671个数据集、87种细胞类型和74种编辑系统的测序数据，涵盖283个靶基因和5962个sgRNA。该平台提供工具用于分析编辑结果、评估脱靶效应，并辅助用户设计针对不同靶基因的sgRNA序列。