wwydmanski/metagenomic_curated

这是一个从Metagenomic Data Repository整理的元基因组数据的Python重新打包版本。用户可以通过study metadata找到感兴趣的研究，并使用提供的示例代码加载和使用数据集。

原始信息汇总

Metagenomic Curated Data 数据集概述

数据集来源

• 本数据集是Metagenomic Data Repository中精选数据的Python重打包版本。

数据集内容

• 数据集包含多个研究的数据，具体研究列表和元数据可通过以下链接获取：
  • 研究列表
  • 研究元数据

数据集使用示例

python ds = datasets.load_dataset("wwydmanski/metagenomic_curated", "EH1726") X = np.array([list(i.values()) for i in ds[train][features]]) y = np.array([x[study_condition] for x in ds[train][metadata]])

如何查找相关数据集

• 查找感兴趣的研究最简单的方式是通过研究元数据。
• 找到研究后，可通过https://experimenthub.bioconductor.org/title/{study_name}页面查找相应的EHIDs。
• 例如，若对ThomasAM_2018a研究感兴趣，可在https://experimenthub.bioconductor.org/title/ThomasAM_2018a网站找到所有相关数据集。

许可证

• 本数据集遵循artistic-2.0许可证。