SCPortalen

SCPortalen is a single-cell database created to facilitate and enable researchers to access and explore published single-cell datasets. It integrates human and mouse single-cell transcriptomics datasets, single-cell metadata, cell images and sequence information.SCPortalen是一款专为便利科研人员访问、探索已发表单细胞数据集而打造的单细胞数据库。该数据库整合了人类与小鼠的单细胞转录组学数据集、单细胞元数据、细胞图像及序列信息。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

SCPortalen是一个单细胞数据库，旨在整合人类和小鼠的单细胞转录组学数据、元数据、细胞图像和序列信息，以促进研究人员访问和探索已发表数据集。其更新版本SCPortalen2新增了5'端数据处理和单细胞数据集发现（SCDD）界面，支持从NCBI SRA索引公开scRNA-seq数据集，并提供增强的数据可视化工具。该数据库作为社区资源，解决了单细胞数据管理中的可访问性和集成问题，涵盖RIKEN生成的数据和期刊发表的数据集。