Weak uORFs analysis
收藏doi.org2025-03-25 收录
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http://doi.org/10.17632/8g76gxgwk9.1
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Here we deposited the data required for reproducing the weak uORF analysis (https://github.com/hsinyenwu/Weak_uORFs). The files included:
(1) RiboTaper output (ORFs_max_filt_expressed) for uORF list
(2) Gtf (Araport11+CTRL_20181206_expressed.gtf)
(3) genome FASTA (TAIR10_chr_all_2.fas and its index file TAIR10_chr_all_2.fas.fai)
(4) TSS-seq tabular file (TSS-Seq_WT_Nielsen_2019)
(5) CAGE tabular file (wt_R123_genome_RiboPlotR.txt)
(6) RNA-seq quantification for CDS regions (RSEM_Araport11_1st+2nd_Riboseq_RNA.genes.results_CDS_only)
(7) Ribo-seq quantification for CDS regions (RSEM_Araport11_1st+2nd_Riboseq_Ribo.genes.results_CDS_only)
本处存档了用于复现弱上游开放阅读框（uORF）分析所需的数据集（https://github.com/hsinyenwu/Weak_uORFs）。所包含的文件如下：
(1) RiboTaper输出文件（ORFs_max_filt_expressed）针对uORF列表
(2) Gtf文件（Araport11+CTRL_20181206_expressed.gtf）
(3) 基因组FASTA文件（TAIR10_chr_all_2.fas及其索引文件TAIR10_chr_all_2.fas.fai）
(4) TSS-seq表格文件（TSS-Seq_WT_Nielsen_2019）
(5) CAGE表格文件（wt_R123_genome_RiboPlotR.txt）
(6) CDS区域RNA-seq定量数据（RSEM_Araport11_1st+2nd_Riboseq_RNA.genes.results_CDS_only）
(7) CDS区域Ribo-seq定量数据（RSEM_Araport11_1st+2nd_Riboseq_Ribo.genes.results_CDS_only）
提供机构：
doi.org
