FunCoup

Major new developments in FunCoup 6 include vastly expanding the coverage of gene regulatory links, a new framework for bin-free Bayesian training and a new website. FunCoup 6 integrates a new tool for disease and drug target module identification using the TOPAS algorithm. To expand the utility of the resource for biomedical research, it incorporates pathway enrichment analysis using the ANUBIX and EASE algorithms. The unique comparative interactomics analysis in FunCoup provides insights of network conservation, now allowing users to align orthologs only or query each species network independently. Bin-free training was applied to 23 primary species, and in addition, networks were generated for all remaining 618 species in InParanoiDB 9.

FunCoup 6的主要新进展包括大幅拓展基因调控关联（gene regulatory links）的覆盖范围、推出全新的无分箱贝叶斯训练（bin-free Bayesian training）框架，以及改版后的官方网站。该数据库集成了一款基于TOPAS算法（TOPAS algorithm）的疾病与药物靶点模块识别工具。为提升该资源在生物医学研究中的应用价值，其新增了基于ANUBIX与EASE算法（ANUBIX and EASE algorithms）的通路富集分析功能。FunCoup独有的比较相互作用组学分析可揭示网络保守性相关特征，如今用户既可以仅对同源基因（orthologs）进行比对，也可独立查询各物种的调控网络。无分箱训练已应用于23个主要物种，此外还为InParanoiDB 9中剩余的全部618个物种生成了基因调控网络。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

FunCoup是一个基因功能耦合网络数据集，支持多物种基因查询，并提供多种搜索选项和参数设置，如扩展算法、金标准、证据类型等，用于研究基因间的相互作用和功能关系。