UALCAN

UALCAN is a user-friendly, interactive web resource for analyzing cancer transcriptome data. It is built on PERL-CGI with high quality graphics using javascript and CSS. UALCAN is designed to, a) provide easy access to publicly available cancer transcriptome data (TCGA and MET500 transcriptome sequencing), b) allow users to identify biomarkers or to perform in silico validation of potential genes of interest, c) provide publication quality graphs and plots depicting gene expression and patient survival information based on gene expression, d) evaluate gene expression in molecular subtypes of breast and prostate cancer, e) provide additional information about the selected genes using links to HPRD, GeneCards, Pubmed, TargetScan and The human protein atlas.UALCAN是一款用户友好的交互式网页资源，用于癌症转录组数据分析。该工具基于PERL-CGI构建，并借助JavaScript与CSS生成高质量可视化图形。UALCAN的设计目标如下： （a）便捷获取公开可用的癌症转录组数据（涵盖TCGA与MET500转录组测序数据集）； （b）支持用户鉴定生物标志物，或对目标潜在基因开展硅基验证； （c）提供符合期刊发表标准的图表，用于展示基因表达情况及基于基因表达水平的患者生存信息； （d）分析乳腺癌与前列腺癌分子亚型中的基因表达水平； （e）通过链接至HPRD、GeneCards、PubMed、TargetScan及人类蛋白质图谱，为所选基因提供额外相关信息。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

UALCAN是一个综合性、用户友好的交互式网络资源，专门用于分析癌症组学数据。它基于PERL-CGI构建，提供对公开癌症组学数据的访问，支持生物标志物识别、基因验证，并生成表达谱和患者生存信息的图表。此外，该平台还允许评估表观遗传调控、进行泛癌分析，并通过链接外部资源提供基因的额外信息。