djh992/pdbbind_complex_GB2022

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tags:
- molecules
- Chemistry
- SMILES
- Protein
- Ligand
- Complexes
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### To generate the dataset

Register for an account at https://www.pdbbind.org.cn/, confirm the validation email, then login and download

the Index files (1)
the general protein-ligand complexes (2)
the refined protein-ligand complexes (3)
Extract those files in pdbbind_complex_GB2022/data

Run the script pdbbind.py in a compute job on an MPI-enabled cluster (e.g., mpirun -n 64 pdbbind.py).

Output will be tar files in `train/`, `val/` and `test/` folders, following the split direction which is from EquiBind manuscript.

原始信息汇总

数据集概述

数据集标签

• 分子
• 化学
• SMILES
• 蛋白质
• 配体
• 复合物

数据集生成步骤

1. 在 https://www.pdbbind.org.cn/ 注册账户并验证邮箱。
2. 登录后下载以下文件：
   • 索引文件 (1)
   • 通用蛋白质-配体复合物 (2)
   • 精细蛋白质-配体复合物 (3)
3. 将下载的文件解压至 pdbbind_complex_GB2022/data 目录。
4. 在支持MPI的集群上运行 pdbbind.py 脚本（例如：mpirun -n 64 pdbbind.py）。

输出结构

• 训练集 (train/)
• 验证集 (val/)
• 测试集 (test/)

输出文件为tar格式，遵循EquiBind手稿中的分割指导。