ATCC Genome Portal

ATCC基因组门户网站是一个符合ISO 9001标准的微生物基因组参考信息数据库，提供经过认证的高质量微生物菌株基因组序列。该数据库包含细菌、病毒、真菌和原生生物的全基因组序列及注释，支持按分类名称、分离来源、ATCC货号等多种方式搜索，并提供全基因组比对功能。自2024年5月1日起，该平台已转变为会员服务模式，用户可通过购买的产品批次号下载相应的基因组数据。本数据集为经过验证的微生物基因组数据库与知识库，所有数据均具备完整溯源信息，关联美国典型培养物保藏中心（American Type Culture Collection, ATCC）生物样本库与菌种保藏库中保藏的实体物料。数据涵盖ATCC保藏的细菌、病毒与真菌菌株的全基因组测序数据、基因组组装结果、元数据（metadata）、药物敏感性数据等内容。所有数据均可通过网页门户界面或REST-API接口免费获取，仅可用于非商业研究专用（RUO）场景。本数据集旨在为科研共同体提供生物源物料与其衍生参考基因组组装结果之间的溯源信息与验证关联。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

ATCC Genome Portal是一个提供已验证微生物基因组数据的数据库和知识库，数据源自ATCC生物库和培养物收藏，包括细菌、病毒和真菌的全基因组测序、组装、元数据及药物敏感性信息。该数据集仅限非商业研究使用，可通过网络门户或REST-API访问，并定期更新，例如新增细胞系、微生物基因组以及表观基因组和抗性组数据。其目标是确保生物源材料与参考基因组组装之间的可追溯性和验证，支持研究社区。