ATCC Genome Portal

Database and knowledgebase of authenticated microbial genomics data with full data provenance to physical materials held within American Type Culture Collection's (ATCC) biorepository and culture collections. Data includes whole genome sequencing data for bacterial, viral and fungal strains at ATCC, their genome assemblies, metadata, drug susceptibility data, and more. All data is freely available for non-commercial research use only (RUO) applications via the web portal interface or via a REST-API. The goal is to provide the research community with provenance information and authentication between the biological source materials and reference genome assemblies derived from them.

本数据集为经过验证的微生物基因组数据库与知识库，所有数据均具备完整溯源信息，关联美国典型培养物保藏中心（American Type Culture Collection, ATCC）生物样本库与菌种保藏库中保藏的实体物料。数据涵盖ATCC保藏的细菌、病毒与真菌菌株的全基因组测序数据、基因组组装结果、元数据（metadata）、药物敏感性数据等内容。所有数据均可通过网页门户界面或REST-API接口免费获取，仅可用于非商业研究专用（RUO）场景。本数据集旨在为科研共同体提供生物源物料与其衍生参考基因组组装结果之间的溯源信息与验证关联。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

ATCC Genome Portal是一个提供已验证微生物基因组数据的数据库和知识库，数据源自ATCC生物库和培养物收藏，包括细菌、病毒和真菌的全基因组测序、组装、元数据及药物敏感性信息。该数据集仅限非商业研究使用，可通过网络门户或REST-API访问，并定期更新，例如新增细胞系、微生物基因组以及表观基因组和抗性组数据。其目标是确保生物源材料与参考基因组组装之间的可追溯性和验证，支持研究社区。