scRNA-seq data of lung cancer

we collected 40 tumor and adjacent normal tissue samples from 19 pathologically diagnosed NSCLC patients (10 LUAD and 9 LUSC) during surgical resections, and rapidly digested the tissues to obtain single-cell suspensions and constructed the cDNA libraries of these samples within 24 hours using the protocol of 10X gennomic. These libraries were sequenced on the Illumina NovaSeq 6000 platform. Finally we obtained the raw gene expression matrices were generated using CellRanger (version 3.0.1). Information was processed in R (version 3.6.0) using the Seurat R package (version 2.3.4).

我们从19例经病理确诊的非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer, NSCLC）患者的手术切除组织中，采集了40份肿瘤组织及配对癌旁正常组织样本，其中包含10例肺腺癌（lung adenocarcinoma, LUAD）患者与9例肺鳞状细胞癌（lung squamous cell carcinoma, LUSC）患者。我们在24小时内采用10X基因组学（10X Genomics）的实验流程，对组织进行快速酶解以获得单细胞悬液，并完成上述样本的cDNA文库构建。随后将构建好的文库置于因美纳（Illumina）NovaSeq 6000测序平台上进行测序。最终，我们通过CellRanger软件（版本3.0.1）生成了原始基因表达矩阵。后续我们采用R语言（版本3.6.0）及Seurat R软件包（版本2.3.4）对相关数据进行了处理。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集包含19名非小细胞肺癌患者的40个肿瘤和邻近正常组织的单细胞RNA测序数据，通过10X Genomics和Illumina NovaSeq 6000平台生成，数据量为1.10TB。数据集重点关注肺癌的免疫微环境，适用于生物学和基础医学研究。