外膜桶蛋白整合机器 BAM 折叠底物 OMP 的多动态构象数据集
收藏国家基础学科公共科学数据中心2024-03-05 收录
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https://www.nbsdc.cn/general/dataDetail?id=64edc63cbb16e07753c34225&type=1
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资源简介：
本数据集描写的是外膜桶蛋白整合机器 BAM 折叠底物 OMP 的多动态构象复合物各组件的每个原子的三维坐标文件和电镜密度图。三维坐标文件内包含 BAM 与底物 OMP 的四种构象结构密度图，包括：(1)3.3 Å的双桶打开构象电镜密度图；（2）3.5 Å的预关闭构象电镜密度图；（3）3.4 Å的半关闭构象电镜密度图；（4）3.6 Å的全关闭构象电镜密度图。外膜结构常见于革兰氏阴性菌、线粒体和叶绿体中，包含外膜β-桶蛋白(OMP)，是物质的重要交换门户。所有已知的OMPs都具有反向平行的β链拓扑结构，暗示着共同的进化起源和保守的折叠机制。已经提出了细菌β-桶装配机器(BAM)启动OMP折叠的模型；然而，BAM完成OMP折叠的机制仍不清楚。在这里，我们报道了BAM组装OMP底物EspP的中间结构，证明了BAM在OMP组装后期的连续构象动力学，这得到了分子动力学模拟的进一步支持。诱变体外和体内装配试验揭示了用于桶杂交、封闭和释放的BamA和EspP的功能性残基。我们的工作为OMP组装的共同机制提供了新的见解。数据量240MB.
提供机构：
浙江大学
