TopCysteineDB

TopCysteineDB unifies structural data for 264 234 PDB cysteines with chemoproteomics evidence for 41 898 human cysteines, classifying each residue’s functional role (covalent, metal-binding, cofactor, disulphide, etc.) and ligandability score. The web app offers sequence/structure search, 3-D Mol visualisation with ligandability overlays, machine-learning predictions (TopCySPAL) and bulk download of sequence, structure or SQLite dumps to accelerate covalent-drug discovery.TopCysteineDB整合了264234个蛋白质数据银行（Protein Data Bank, PDB）收录的半胱氨酸结构数据，以及41898个人类半胱氨酸的化学蛋白质组学（chemoproteomics）验证数据，对每个残基的功能角色（共价结合、金属结合、辅因子结合、二硫键结合等）及配体可结合性评分完成分类标注。该网页应用支持序列/结构检索、叠加配体可结合性信息的三维分子可视化、机器学习预测模型（TopCySPAL），并提供序列、结构或SQLite格式数据的批量下载服务，以加速共价药物研发进程。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

TopCysteineDB整合了26.4万个PDB半胱氨酸的结构数据和4.2万个人类半胱氨酸的化学蛋白质组学证据，对每个残基进行功能角色分类和配体结合能力评分。该数据集通过提供序列/结构搜索、三维可视化、机器学习预测及批量下载功能，旨在加速共价药物的发现过程。