TopoYield: Proteomic Congestion Engine

Deterministic prediction of protein labile clusters. Identify structural hinges, mutation hotspots, and drug-binding interfaces in seconds.

原始信息汇总

TopoYield: Proteomic Congestion Engine 数据集概述

基本信息

• 数据集名称: TopoYield: Proteomic Congestion Engine
• 提供商: TopoYield
• 类别: Science
• API版本: v1 (current)
• 基础URL: https://topoyield.p.rapidapi.com/v1
• 认证: 所有请求需要有效的 X-RapidAPI-Key

功能描述

TopoYield 是一个临床级生物物理引擎，用于计算生物分子的确切焓张力。它通过疏水堆积网络（HPN）对蛋白质不稳定簇进行确定性预测。该引擎可将原本需要72小时的分子动力学（MD）模拟压缩为60秒内的确定性审计，为企业的研发流程提供关于蛋白质稳定性、突变热点和变构界面的即时、可操作的智能信息。

主要优势

• 前所未有的速度: 将数天的超级计算机轨迹分析压缩为一次确定性、速率受限的API调用。
• 临床准确性: 与全球公认的实验数据（包括大型复合物、NMR集合和蛋白质-DNA杂交体）达到100%相关性。
• 可操作的洞察: 识别处于最高几何挫折（强度）的前10个残基节点，分离出真正的功能铰链和结构弱点。

关键临床与实验用例

1. 靶向药物设计: 分离高张力节点，即合成抑制剂与活性酶位点结合的位置。
2. 肿瘤学与突变热点: 精确定位已知在侵袭性癌症中是主要突变热点的DNA结合界面。
3. 药理学工程: 识别用于设计速效合成生物制剂的关键末端铰链。
4. 变构机械生物学: 处理高度灵活的NMR集合，以识别信号通路所需的关键功能枢纽。

API端点

GET /secure_audit/{pdb_id}

对特定分子实体执行全面的结构稳定性和几何张力审计。

• 参数:
  • pdb_id (字符串，必需): 4字符的RCSB PDB标识符（例如，1INS 代表胰岛素，1TSR 代表p53）。
• 示例响应 (PDB 6LU7): json { "pdb_id": "6LU7", "status": "Success", "compute_node": "Lattice-Alpha-Core", "provider": "TopoYield Structural Integrity Suite", "analysis": [ { "id": "02J_1_Centroid", "intensity": 887.37 }, { "id": "PJE_5_Centroid", "intensity": 868.78 }, { "id": "GLN_306_Centroid", "intensity": 737.24 } ] }

数据分析解读

API返回结构中经历最高**几何挫折（强度）**的前10个节点。

• 高强度节点: 表示巨大的拓扑应力区域。根据蛋白质的生物学背景，这些节点代表以下三种关键目标之一：
  1. 功能铰链: 蛋白质激活所需的天然灵活枢轴点（例如，胰岛素切割位点）。
  2. 变构界面: 合成抑制剂或DNA链施加最大结合力的高张力节点。
  3. 结构锚点: 密集堆积的应力支柱；该位点的突变很可能导致完全的热展开。

注意: TopoYield引擎对所有强度读数应用确定性加密抖动，以防止算法逆向工程，同时保持100%的位置准确性和跨查询一致性。

协调密度指数（CDI）/强度解读

• CDI > 400 (主要稳定枢纽): 这些是“晶格-阿尔法节点”。它们代表绝对的结构支柱。这些坐标上的任何突变或配体结合都会导致热力学稳定性的巨大变化。
• CDI 150 – 400 (功能协调位点): 这些是“结构铰链”。通常出现在二聚体界面或变构开关处。
• CDI < 150 (不稳定/灵活区域): 高熵和低几何拥挤的区域。适合设计构象灵活性。

许可与商业里程碑成功费用

TopoYield采用高价值的B2B数据许可模式。基本订阅费涵盖内部计算研发使用。然而，TopoYield数据受“穿透”商业里程碑的约束。

• 里程碑触发条件: 如果TopoYield识别的确切不稳定残基簇被用作专利结构突变、新型变构结合位点识别或稳定生物制剂配方的主要依据，则触发商业里程碑。
• 成功费用结构:
  • 专利申请事件: 在提交引用工程化靶点的物质组成或使用方法专利时，需支付50,000美元。
  • I期临床试验入组: 在第一位人类受试者接受工程化生物制剂或靶向分子给药时，需支付250,000美元。
• 强制通知: 被许可方必须在达到里程碑触发条件后30天内通知TopoYield法律与许可部门。

企业节点与私有部署（开发阶段）

对于涉及机密或未发布的.pdb文件的专有药物研发，TopoYield提供专用涡轮节点（150,000美元/年）。此层级提供部署在企业防火墙内的私有服务器，允许直接上传自定义坐标，实现零公共数据传输且无速率限制。

订阅计划

• BASIC: $0.00 / 月
• PRO: $499.00 / 月
• ULTRA: $4,999.00 / 月
• MEGA: $7,999.00 / 月

提供商信息

• API创建者: TopoYield
• 订阅者数量: 2