TIGRFAMs

TIGRFAMs is a collection of manually curated protein families focusing primarily on prokaryotic sequences.It consists of hidden Markov models (HMMs), multiple sequence alignments, Gene Ontology (GO) terminology, Enzyme Commission (EC) numbers, gene symbols, protein family names, descriptive text, cross-references to related models in TIGRFAMs and other databases, and pointers to literature. Originally developed at The Institute for Genomic Research (TIGR) and later at its successor, the J. Craig Venter Institute (JCVI), it is now maintained by the NCBI.TIGRFAMs是一套经人工整理标注的蛋白质家族集合，主要聚焦于原核生物序列。该数据集涵盖隐马尔可夫模型（Hidden Markov Models，HMMs）、多序列比对（Multiple Sequence Alignments）、基因本体（Gene Ontology，GO）术语、酶委员会（Enzyme Commission，EC）编号、基因符号、蛋白质家族名称、描述性文本、指向TIGRFAMs内部及其他数据库中相关模型的交叉引用，以及文献溯源指引。该数据集最初由基因组研究所（The Institute for Genomic Research，TIGR）开发，后续由其衍生机构——J·克雷格·文特尔研究所（J. Craig Venter Institute，JCVI）承接维护工作，目前由美国国家生物技术信息中心（NCBI）负责运维。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

TIGRFAMs是一个专注于原核生物序列的手动管理蛋白质家族集合，包含隐藏马尔可夫模型、序列比对、基因本体术语等多种数据元素。该数据集最初由TIGR和JCVI开发，目前由NCBI负责维护。