The Global Ocean Microbiome Catalogue

In the past two decades, many independent or large-scale projects have generated mass data silos on marine metagenomics but, until now, we still lack a unified and comprehensive collation. We collected public marine metagenomes from 2009 to 2020, reconstructed 43,191 qualified genomes. Combining these MAGs with public marine bacterial and archaeal genomes (NCBI, OMD and OceanDNA), we generated a non-redundant catalogue composed of 24,195 genomes, which represents the Global Ocean Microbiome Catalogue (GOMC).

近二十年来，诸多独立或大型海洋宏基因组学项目已产生了大量数据孤岛，但截至目前，学界仍缺乏一套统一且全面的整合数据集。本研究收集了2009年至2020年间公开的海洋宏基因组数据，重构得到43191个合格的宏基因组组装基因组（Metagenome-Assembled Genome, MAG）。将这些MAG与公开的海洋细菌、古菌基因组（NCBI、OMD及OceanDNA）相结合，我们构建了一套包含24195个基因组的非冗余目录，即全球海洋微生物组目录（Global Ocean Microbiome Catalogue, GOMC）。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集是一个全球海洋微生物组目录（GOMC），整合了2009年至2020年的公共海洋宏基因组数据，重建了43,191个合格基因组，并结合其他公共基因组资源，形成了一个包含24,195个基因组的非冗余目录。其特点是专注于环境样本（海洋微生物），数据类型为组装，数据规模较大（12.25GB），旨在统一和全面整理海洋微生物基因组信息，以支持海洋生态和生物多样性研究。