不同谱系不同能量代谢条件 下组蛋白、DNA 和RNA 修饰 图谱

数据来源：本课题产生的测序数据主要来自人类 293T细胞系及小鼠组织样本。细胞样本无支原体污染，小鼠组织样本及其生理状态符合研究需求。
数据采集：细胞系及小鼠样本由项目内实验室内培养。对样本提取的 RNA 的完整度、纯度和质量通过 Nanodrop、琼脂糖凝胶电泳、OD260/280 比值、Qubit 定量等方法进行评估鉴定。采用对应的商业化试剂盒进行文库构建，并通过 Agilent2100 和 qPCR 分别进行文库大小和浓度检测。对这些样本的文库通过测序来进行功能研究。测序得到的数据样本通过 Q30 对数据质量进行评估及处理。
数据加工：数据类型包括 RNA-Seq，RNA-BisSeq，RIP-seq及PAR-CLIP-seq 的样本处理。RNA-seq 的样本处理包括对处理样本的 ribosome RNA 消化后建库。RNA-BisSeq 的样本处理包括对处理样本的 RNA 提取，通过重亚硫酸盐进行氧化处理，实现对无甲基化修饰胞嘧啶位点的 C-T 转化并建库。RIP-seq 的样本处理包括提取 RNA 进行打断后，通过指定蛋白的特异抗体进行富集，消化掉 DNA 后并回收 RNA 进行建库。PAR-CLIP-seq 的样本处理包括对样本细胞系掺入 4-SU 孵育后进行紫外光照射使 RNA-蛋白质 形成共价键交联，通过 RNA 酶消化保留蛋白质结合片段后，通过指定蛋白的特异抗体进行富集，回收 RNA 片段并建库。上述几种类型的数据，其建库样本通过 Illumina 测序仪进行双端测序得到测序序列。测序数据质量通过 Q30 质量控制来确定是否满足分析要求。
数据处理：对测序数据进行质量控制，包括接头序列和低质量序列的去除。对处理后的数据和人类基因组进行比对，得到比对结果，基于比对的特异性进行质量控制。通过对比对结果进行RNA 修饰、RNA结合位点的鉴定，基因表达水平的定量。在鉴定 RNA 修饰位点区域及染色质结合区域中，通过 p 值显著性筛选，及重复样本的重复性对结果进行质量控制。