Bioindication diatomées : comparaison microscopie / barcoding ADN. Listes floristiques, indices IBD. Projet AFB numéro 15000239 / A30.

Description des 3 fichiers excels : DREAL 2016_2017 liste taxonomique microscopie_moleculaire.xlsx : Fichier excel donnant les listes floristiques diatomées des campagnes 2016 et 2017 obtenues. 3 onglets : - "Microscopie" : listes obtenues en microscopie optique -"Moleculaire" : listes obtenues en métabarcoding (méthode des séquences filtrées avec seuil d'assignation à 60%) - "correspondance code station" : des acronymes pour chaque échantillon ont été utilisés pour les analyses moléculaires. La correspondance avec les noms de rivières/stations et date d'échantillonnage sont donnés dans cet onglet IBD correlation microscopie_moleculaire.xlsx : Fichier excel donnant les valeurs d'IBD (IBD 2014 calculé avec Omnidia v.6.0) avec les inventaires microscopiques et moléculaires. 2 onglets : - "IBD DREAL" : notes d'IBD pour la microscopie et le métabarcoding (méthode des séquences filtrées avec seuil d'assignation à 60%) - code station : des acronymes pour chaque échantillon ont été utilisés pour les analyses moléculaires. La correspondance avec les codes station Sandre (8 chiffres) sont données dans cet onglet. list60_230218.xlsx Fichier excel sortie de Mothur pour la méthode des séquences filtrées avec seuil d'assignation à 60%. 2 onglets : - "Taxo" : identification moléculaires non dérépliquées - "Suivi mothur" : correspondance entre les noms de fichiers Fastq et les acronyms utilisés pour les analyses moléculaires