ConfoundR

ConfoundR is an interactive web application that enable users to compare the expression of individual/multiple genes in tumour epithelium with the expression of the same genes in stromal/non-epithelial cells and the expression/enrichment of a gene set/gene signature in tumour epithelium with in stromal/non-epithelial cellsConfoundR 是一款交互式网页应用，可助力用户对比单个或多个基因在肿瘤上皮细胞中的表达水平，与同一批基因在基质细胞/非上皮细胞中的表达情况；同时还可对比基因集/基因特征在肿瘤上皮细胞中的表达或富集程度，与该基因集/特征在基质细胞/非上皮细胞中的对应水平。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

ConfoundR是一个基于R/Shiny开发的交互式网络应用，旨在比较肿瘤上皮细胞与基质/非上皮细胞之间单个基因、多个基因或基因集的表达/富集差异。该工具整合了八个来自不同癌症类型的公开数据集，并提供箱线图、热图和基因集富集分析（GSEA）三种可视化分析模块，以帮助识别在批量肿瘤样本中可能因细胞群体比例不同而产生混淆的基因特征。