AlphaFill

The AlphaFill databank contains computational structure models from the AlphaFold Protein Structure Database and the Big Fantastic Virus Database that are enriched with co-factor, ligand and ion coordinates that are transplanted from experimental structure models (from PDB-REDO) by homology. The level of sequence identity, the global and local structure similarity, and the atomic clashes between the transplant and the protein are used as descriptors to assess transplant quality. The web interface also allows the filling of user-provided structure models.AlphaFill 数据库（AlphaFill Databank）收录了来自AlphaFold蛋白质结构数据库（AlphaFold Protein Structure Database）与大型奇妙病毒数据库（Big Fantastic Virus Database）的计算结构模型。这些模型通过同源比对的方式，移植了源自PDB-REDO数据库的实验结构模型中的辅因子、配体与离子坐标，实现了功能相关组分的富集。研究采用序列一致性、全局与局部结构相似度，以及移植组分与靶蛋白之间的原子冲突情况，作为评估移植质量的描述符。该数据库的网页交互界面还支持对用户提供的结构模型进行同类组分填充。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

AlphaFill是一个基于序列和结构相似性的算法，用于向AlphaFold蛋白质结构模型中移植缺失的配体、辅因子和离子，从而增强其功能与结构完整性评估。该数据集包含所有AlphaFold模型及其移植的化合物，并提供基于全局和局部结构相似性的质量描述符。