FAIRsharing record for: MatrisomeDB

This FAIRsharing record describes: MatrisomeDB is a searchable collection of curated proteomic datasets focused on the analysis of the extracellular matrix (ECM) of healthy and diseased tissues. In brief ECM proteomics datasets are retrieved from public repositories and are reprocessed using unified search parameters and criteria to allow inter-study comparison. Users can search MatrisomeDB by inputting gene symbol(s), protein name(s), species, and/or tissue type(s). The output from the data reprocessing workflow is displayed in the form of a downloadable table and different hierarchically-clustered distribution heatmaps computing confidence scores and protein abundance. Additional features include peptide mapping on primary amino-acid sequences, domain-based representation of proteins, and 3D protein structures. Users are also provided with references to external databases including GeneCard, UniProt, the CPTAC assay portal, and the Peptide Atlas, and with link to original publications and raw mass spectrometry data files.

本FAIRsharing记录介绍如下内容：MatrisomeDB是一款可检索的经人工整理注释的蛋白质组数据集库，专注于分析健康与病变组织的细胞外基质（extracellular matrix，ECM）。简言之，该库从公共存储库中获取ECM蛋白质组数据集，并采用统一的搜索参数与标准进行重新处理，以支持不同研究间的横向比较。用户可通过输入基因符号、蛋白质名称、物种及/或组织类型对MatrisomeDB进行检索。数据重处理流程的输出结果将以可下载表格，以及带有置信度得分与蛋白质丰度计算结果的层级聚类分布热图的形式展示。此外，该平台还提供多项附加功能：包括基于一级氨基酸序列的肽段定位、蛋白质的结构域可视化展示以及三维蛋白质结构。用户还可获取GeneCard、UniProt、CPTAC检测门户以及肽图谱（Peptide Atlas）等外部数据库的参考链接，同时获得原始研究文献与原始质谱数据文件的下载链接。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

MatrisomeDB是一个专注于健康与疾病组织细胞外基质（ECM）蛋白质组学数据的知识库，提供经过统一处理的蛋白质组数据集，支持多种搜索方式和数据可视化工具。该数据集还包含与外部数据库的链接和原始质谱数据文件的引用，便于用户进行深入研究和比较分析。